结论：二楼住户能否起诉一楼改独立下水，需分情况讨论，主要取决于一楼改造行为是否侵害二楼合法权益及是否违反法律规定。

1. 若一楼改造行为导致二楼下水堵塞、反水或产生其他损害，二楼可起诉侵权
   根据《民法典》第288条（相邻关系原则），不动产相邻权利人应遵循有利生产、方便生活、团结互助、公平合理原则处理相邻关系。若一楼擅自改造独立下水管道，导致二楼排水不畅、反水或房屋受损（如墙面渗水、地板腐蚀等），二楼可主张一楼行为构成侵权，要求其停止侵害、排除妨碍、赔偿损失。
   关键证据：需证明损害结果与一楼改造行为存在因果关系（如物业维修记录、照片、视频、鉴定报告等）。

2. 若一楼改造行为违反物业规定或未经审批，二楼可起诉要求恢复原状
   若小区《管理规约》或《物业服务合同》明确禁止住户擅自改动下水管道，或一楼改造未通过物业、城管等部门审批（如涉及外立面改动、破坏公共管道等），二楼可依据《民法典》第236条（排除妨害请求权）起诉，要求一楼恢复下水管道原状。
   关键证据：物业出具的违规通知、城管部门责令整改文书、小区管理规约等。

3. 若一楼改造行为合法且未损害二楼权益，二楼起诉可能被驳回
   若一楼改造独立下水系因原管道设计缺陷（如长期反水、堵塞），且改造方案经物业同意、未破坏公共设施、未影响二楼正常排水，则二楼的起诉可能缺乏法律依据，法院可能驳回诉求。
   例外情形：若二楼能证明一楼改造虽未直接损害其权益，但存在潜在风险（如管道老化导致未来可能反水），需结合具体证据判断法院是否支持预防性请求。

建议行动步骤：

1. 收集证据：记录下水异常时间、拍摄现场照片/视频、保存物业沟通记录；
   
2. 委托鉴定：若存在财产损失，可委托专业机构评估损失金额及因果关系；
   
3. 发送律师函：先通过律师向一楼住户正式发函，要求停止侵害或协商解决；
   
4. 提起诉讼：若协商无果，可向法院起诉，主张侵权责任或相邻权纠纷。
   

提示：司法实践中，法院会综合改造必要性、损害结果、双方过错等因素裁判，建议提前咨询律师制定诉讼策略。如有进一步细节（如改造方式、物业态度等），可向我补充说明，我会为您具体分析。