农村自建房办理房产证的过程需要遵循一定的流程和提交相应的证件。根据您提供的参考信息，以下是详细的解答：

首先，需要明确的是，农村自建房的土地权属来源主要分为三种：集体建设用地、宅基地、国有建设用地。针对这三种不同的土地权属，办理房产证所需提交的材料也有所不同。

一、对于集体建设用地使用权及建筑物、构筑物所有权首次登记，需要提交以下材料：

1. 不动产登记申请书；
2. 申请人身份证明（如身份证、户口簿等）；
3. 有批准权的人民政府批准用地的文件等权属来源材料；
4. 建设工程符合规划的材料（如建设工程规划许可证等）；
5. 不动产权籍调查表、宗地图、房屋平面图以及宗地界址点坐标等有关不动产界址、面积等材料；
6. 建设工程已竣工的材料（如竣工验收报告等）；
7. 法律、行政法规等规定的其他材料。

二、对于宅基地使用权及房屋所有权登记，需要提交以下材料：

1. 同样需要不动产登记申请书；
2. 申请人身份证明；
3. 不动产权属证书或者土地权属来源材料（如宅基地批准书等）；
4. 房屋符合规划或建设的相关材料（如乡村建设规划许可证等）；
5. 同样需要不动产权籍调查表、宗地图、房屋平面图以及宗地界址点坐标等材料；
6. 法律、行政法规等规定的其他材料。

三、对于国有建设用地使用权及房屋所有权首次登记，所需材料更为复杂，包括：

1. 不动产登记申请书；
2. 申请人身份证明；
3. 不动产权属证书或者土地权属来源材料；
4. 建设工程符合规划的材料；
5. 房屋已经竣工的材料；
6. 房地产调查或者测绘报告；
7. 如建筑物区分所有，还需确认建筑区划内属于业主共有的道路、绿地、其他公共场所、公用设施和物业服务用房等材料；
8. 相关税费缴纳凭证；
9. 法律、行政法规等规定的其他材料。

此外，在办理房产证之前，还需要确保已经完成了宅基地的申请和审批流程。这包括农户提出宅基地书面申请、村民小组会议讨论通过并公示、村级组织开展材料审核、乡镇政府组织各相关部门审查、核发《农村宅基地批准书》、县级政府备案等一系列步骤。只有完成了这些步骤，才能确保宅基地的合法性和使用权。

总的来说，农村自建房办理房产证需要提交的材料和遵循的流程相对复杂。建议农户在办理前仔细咨询当地的不动产登记部门或相关部门，了解具体的办理要求和流程，以确保能够顺利办理房产证。