农村自建房办理不动产证需要准备的材料根据具体情况有所不同。以下是针对新建房屋、翻建房屋、遗失补证、转移登记以及换证等不同情况所需材料的详细列举：

一、新建房屋办理不动产证所需材料

1. 规划蓝线原件（乡镇建设站办理）；
2. 建设用地批准书原件及建设用地红线说明及附图原件（乡镇国土所办理）；
3. 乡村建设规划许可证原件及建筑红线附图及说明原件（乡镇建设站办理）；
4. 土地权属界线调查表原件（乡镇国土所办理）；
5. 房屋产权面积确认告知单原件（乡镇建设站办理）；
6. 宗地图、房屋分户图（市国土局勘测院出具）；
7. 户口本、身份证原件及复印件（申请人持上述所有资料到指定窗口进件）。

二、翻建房屋办理不动产证所需材料

1. 集体土地使用权证原件；
2. 私有房屋所有权证原件；
3. 乡村建设规划许可证原件及建筑红线图及红线说明原件（乡镇建设站办理）；
4. 房屋产权面积确认告知单（变更）原件（乡镇建设站办理）；
5. 土地权属界线调查表原件（乡镇国土所办理）；
6. 土地档案变更回执单（乡镇国土所办理，需填写档案号，所查档人员签字、国土所盖章）；
7. 原私有房屋所有权证档案查询单（建设局房产所窗口办理）；
8. 宗地图、房屋分户图（市国土局勘测院出具）；
9. 户口本、身份证原件及复印件（申请人持上述所有资料到指定窗口进件）。

三、遗失补证办理不动产证所需材料

1. 原集体土地使用证档案复印件盖章（国土所查询）；
2. 原土地证书档案查询单（乡镇国土所办理，需填写档案号，所查档人员签字、国土所盖章）；
3. 原私有房屋所有权证档案复印件盖章（国土局档案室查询）；
4. 原私有房屋所有权证档案查询单（建设局房产所窗口办理），如有一份未丢失则提供原件；
5. 登报申明遗失的报纸原件（登报15天生效）；
6. 土地权属界线调查表原件（乡镇国土所办理）；
7. 宗地图、房屋分户图（市国土局勘测院出具）；
8. 户口本、身份证原件及复印件（申请人持上述所有资料到指定窗口进件）。

四、转移登记办理不动产证所需材料

1. 房产证、土地证原件；
2. 土地使用权转移申请表（乡镇国土所领取，需填写是否符合“一户一宅”）；
3. 房产转让审批表复印件（乡镇建设站办理）；
4. 房产转让合同书原件（乡镇建设站办理）；
5. 房产告知单（乡镇建设站办理）；
6. 房产契税缴税单及土地契税完税证明；
7. 土地权属界线调查表原件（乡镇国土所办理）；
8. 原土地证书档案查询单（乡镇国土所办理，需标明是否抵押、查封，并填写档案号，档案员签字、国土所盖章）；
9. 原私有房屋所有权证档案查询单（建设局房产所办理）；
10. 宗地图、房屋分户图（市国土局勘测院出具）；
11. 双方户口本、身份证原件及复印件（转让方还需提交结婚证原件，夫妻双方需与受让方一同到窗口面签）。

五、换证办理不动产证所需材料

1. 房产证、土地证原件；
2. 土地权属界线调查表原件（乡镇国土所办理）；
3. 原土地证书档案查询单（乡镇国土所办理，需填写档案号，所查档人员签字、国土所盖章）；
4. 原私有房屋所有权证书档案查询单（建设局房产所窗口办理）；
5. 宗地图、房屋分户图（市国土局勘测院出具）；
6. 户口本、身份证原件及复印件（申请人持上述所有资料到指定窗口进件）。

请注意，在办理过程中需确保所有材料齐全，并按照当地不动产登记中心的具体要求进行提交。同时，由于不动产办证实行“窗口受理”、“电子上传审批”，请务必在各个管理部门办理完所有手续后再前往不动产中心，以避免多次往返。