在个税专项扣除中，允许扣除的五险一金仅限于个人缴纳部分。单位缴纳部分并不属于个人收入，因此无需在个税申报中进行扣除或申报。以下是对此问题的详细解答：

一、法律依据

根据《中华人民共和国个人所得税法》第六条明确规定，居民个人的综合所得，需以每一纳税年度的收入额减除相关费用后的余额为应纳税所得额。其中，可减除的费用包括专项扣除，而专项扣除就涵盖了居民个人按国家规定缴纳的基本养老保险、基本医疗保险、失业保险等社会保险费和住房公积金。这里明确指出，只有个人按规定缴纳的部分才可在计算应纳税所得额时扣除。

二、扣除的具体意义与逻辑

1. 税收公平性原则：个人缴纳的五险一金是从个人收入中直接支出的。将这部分金额在税前扣除，能避免对这部分已用于社会保障的收入重复征税，从而体现了税收的公平原则。
2. 单位缴纳部分的性质：单位缴纳的五险一金是单位的法定义务，并不包含在个人工资收入中。因此，这部分费用与员工个人的税务处理无关，无需在个税申报中扣除。
3. 减轻税负：个人实际承担并缴纳的五险一金部分在计算应纳税所得额时扣除，有助于降低纳税人的税收负担，确保税收制度的公平性和合理性。

三、五险一金与个税专项扣除的关系

• 包含关系：个税专项扣除中确实包含了五险一金中的部分费用，但仅限于个人缴纳的基本养老保险、基本医疗保险、失业保险和住房公积金。
• 非等同关系：个税专项扣除并不完全等同于五险一金。五险一金还包括工伤保险和生育保险，这两种保险由单位全额承担，个人无需缴纳，因此不包含在个税专项扣除内。

综上所述，个税专项扣除中的五险一金仅指个人缴纳部分。纳税人在申报个税时，应准确理解并合理利用这些扣除政策，以确保税收负担得到合理减轻。