针对你提出的问题“非法经营金额很大但查出来的金额很小要认罪认罚吗”，我给出以下分析：
首先，是否认罪认罚应基于实际涉案金额和证据情况。非法经营罪的定罪量刑与经营的金额有直接关系，但如果查出来的金额远小于实际金额，这就涉及到了证据充分性和证明力的问题。
证据充分性：如果查出来的金额较小，但证据确凿、充分，能够证明你存在非法经营的行为，那么你可能需要基于这部分已查明的金额来认罪认罚。因为，即便全额未被查出，已查明的部分也足以构成犯罪。
证明力问题：如果对于实际经营的大额部分，证据不足或者无法形成完整的证据链，那么你不能仅仅基于这部分金额来认罪认罚。在这种情况下，你应积极配合调查，提供有利于自己的证据，争取更好的法律结果。
法律后果：认罪认罚通常意味着接受法律的制裁，包括可能的刑罚和罚金。但如果你认为查明的金额与实际情况不符，或者对罪名有异议，你完全有权进行辩护，提出自己的观点和证据。
建议：在面对这种情况时，我建议你尽快寻求专业律师的帮助，对案件进行全面、深入的分析。律师会根据你的具体情况，为你提供针对性的法律建议，帮助你做出最明智的选择。
综上所述，是否认罪认罚应基于实际的涉案金额、证据情况以及法律后果来综合考虑。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。