醉驾检察机关不予起诉一般不会留案底。下面我为您详细解释：

1. 不起诉的含义：根据相关法律规定，不起诉分为法定不起诉、酌定不起诉和证据不足不起诉等情形。在醉驾案件中，若因情节轻微等原因被检察院作出酌定不起诉决定，通常不会留下犯罪记录，即所谓的“案底”。

2. 法律依据：依据《刑事诉讼法》的要求，醉驾不起诉决定不会留档，检察机关也不会公开此类信息。具体来说，《中华人民共和国刑事诉讼法》第十六条规定，有下列情形之一的，不追究刑事责任，已经追究的，应当撤销案件，或者不起诉，这其中包括情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的情形。

3. 特殊情况：虽然一般情况下醉驾不起诉不会留案底，但如果醉驾行为已构成犯罪，只是基于某些法定情形而不起诉，那么仍可能会有相关记录留存。这些记录在某些特殊情境下可能会对个人产生影响，例如申请某些职业资格证书、参与公务员招聘等。不过，具体情况还需根据当地的司法实践和相关法律法规来确定。

4. 对后续生活的影响：值得注意的是，即使醉驾未被起诉，但在公安机关的执法记录里可能仍会留下相关信息。此外，醉酒驾驶即便不予起诉，驾驶证也会面临严重的吊销处罚，且重新考取驾驶证的条件和时间限制极为严格。

综上所述，醉驾检察机关不予起诉一般不会留案底，但具体情况还需根据案件的具体情况和当地的司法实践来确定。如果您对此类问题还有疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。