协议中确认的赔偿金额以及管辖法院条款，在符合相关法律规定的前提下，是有效的。下面我详细为您解释：
赔偿金额的有效性：
- 协议中双方自愿达成的赔偿金额，只要不存在欺诈、胁迫等违法情形，且赔偿金额合理、明确，通常会被法院认定为有效。这意味着，如果一方违约，另一方可以依据协议中的赔偿金额要求赔偿。
管辖法院条款的有效性：
- 管辖法院条款是协议中常见的一项内容，用于约定在发生纠纷时，由哪个法院进行管辖。根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，合同或者其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖。
- 管辖法院条款的有效性取决于其是否满足法律规定的条件，如是否明确、是否与争议有实际联系等。如果管辖法院条款合法有效，那么在发生纠纷时，双方应当按照约定向指定的法院提起诉讼。
注意事项：
- 在签订协议时，建议双方明确赔偿金额的计算方式、支付期限等细节，以避免后续产生争议。
- 管辖法院条款应当明确、具体，避免使用模糊或不确定的表述。同时，双方应当确保所选的法院与争议有实际联系，否则可能会导致管辖法院条款被认定为无效。
综上所述，协议中确认的赔偿金额以及管辖法院条款，在符合相关法律规定的前提下，是有效的。如果您在签订或履行协议过程中遇到任何问题，欢迎随时向我咨询。