特殊工时制下的有薪计算方法主要涉及到综合工时制和不定时工时制这两种特殊工时制度。在解释具体的计算方法之前，我们先简要回顾一下这两种工时制的特点。

综合工时制是针对工作性质特殊，需连续作业或受季节及自然条件限制的企业的部分职工，采用以周、月、季、年等为周期综合计算工作时间的一种工时制度。其平均日工作时间和平均周工作时间与法定标准工作时间基本相同。

不定时工作制则是对因生产特点、工作特殊需要或职责范围所限，需要机动作业的职工所采用的一种工时制度。这种工时制度不设定固定的工作时间，而是根据工作需要来灵活安排。

现在，我们来具体讨论特殊工时制下的有薪计算方法：

一、综合工时制的有薪计算

在综合工时制下，由于工作时间是综合计算的，因此加班费的计算方式也与标准工时制有所不同。具体来说，如果在综合计算周期内的总工作时间超过了法定标准工作时间（即每日8小时，每周40小时），则超出部分应视为加班，并按照不低于本人小时工资标准的150%支付加班费。如果在法定节假日工作，则应按照不低于本人日或小时工资标准的300%支付加班费。

对于综合工时制下的有薪假（如年假、病假等），其工资计算通常基于员工的月平均工资和休假天数来确定。具体计算方法可能因企业政策而异，但一般应遵循公平、合理的原则。

二、不定时工时制的有薪计算

在不定时工时制下，由于工作时间不固定，因此加班费的计算方式也相对特殊。一般来说，不定时工作制下不计算加班费和加点费，即无论员工在何时工作，都不应额外支付加班费。但是，这并不意味着不定时工作制下的员工就没有任何有薪保障。相反，企业应确保员工的工资水平不低于当地最低工资标准，并按时足额支付员工的工资。

对于不定时工时制下的有薪假，其工资计算同样基于员工的月平均工资和休假天数来确定。与综合工时制类似，具体计算方法可能因企业政策而异。

综上所述，特殊工时制下的有薪计算方法需要根据具体的工时制度和企业的政策来确定。但无论如何，企业都应确保员工的合法权益得到保障，并按时足额支付员工的工资和加班费（如适用）。同时，员工也应了解自己的工时制度和相关权益，以便在必要时维护自己的合法权益。