结论前置：员工旷工，用人单位在合法合规的前提下，是可以扣除相应工资的，但具体扣除方式和金额需遵循法律法规和单位规章制度。
一、法律依据与原则
《中华人民共和国劳动法》第五十条：明确规定了工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。但这并不意味着任何情况下都不能扣工资，关键在于“克扣”和“无故拖欠”的界定。旷工期间，劳动者未提供劳动，用人单位不支付该期间的工资，并不属于“克扣”或“无故拖欠”。
《工资支付暂行规定》第十六条：因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。虽然这一条款主要针对经济损失赔偿，但旷工也可视为劳动者未履行劳动义务，给用人单位造成潜在损失（如生产延误、客户流失等），因此可参照此原则处理。
二、用人单位规章制度的重要性
规章制度制定与公示：用人单位有权根据自身的经营管理和劳动纪律需要，制定关于旷工的处罚措施，包括扣除工资。但这些规章制度必须内容合法、程序合法，且已经向劳动者公示或告知。例如，规章制度应当经过职工讨论，确保不违反法律法规的规定，并保障劳动者的合法权益。
扣薪标准与依据：如果用人单位依法制定并向劳动者公示的规章制度明确规定旷工属于违纪行为，且规定了相应合理的扣薪标准（如旷工一天扣多少工资等），那么用人单位可以依据该规章制度扣工资。扣薪标准应合理且明确，不能采取不合理的扣除方式（如“旷一天罚三天”等），否则可能被视为违法克扣工资。
三、旷工扣工资的具体操作与限制
扣薪前提：用人单位必须确保规章制度合法有效，且劳动者确实存在旷工行为。旷工的定义和证明方式（如考勤记录、监控视频、书面警告等）应在规章制度中明确规定。
扣薪计算：旷工期间的工资可以按照旷工的天数乘以员工的日工资来计算，并予以扣除。但扣除的金额不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。例如，如果员工当月工资为5000元，旷工一天，日工资为227.27元（5000元/22天，假设当月22个工作日），则最多可扣除227.27元，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。
证据留存：用人单位应保留好劳动者旷工的证据以及扣薪的依据，以备不时之需。这些证据在劳动争议仲裁或诉讼中可能起到关键作用。
四、员工权益保护与救济途径
异议权：员工在遭遇不合理的旷工扣工资时，有权向用人单位提出异议，并要求用人单位给出合理的解释和依据。如果用人单位无法提供合法合规的扣薪依据，员工有权拒绝接受不合理的扣薪。
法律救济：如果用人单位违法克扣工资，员工可以依法申请劳动仲裁或提起诉讼，维护自身的合法权益。在劳动争议仲裁或诉讼中，员工需要提供证据证明用人单位存在违法克扣工资的行为。
五、特殊情况下的处理建议
因不可抗力或特殊原因导致的旷工：对于因不可抗力（如自然灾害、交通事故等）或特殊原因（如突发疾病、家庭紧急情况等）导致的旷工，用人单位应酌情处理，避免一刀切的做法。在这种情况下，用人单位可以与员工协商解决旷工期间的工资问题，或者根据规章制度中的相关规定给予一定的宽容处理。
劳动合同或规章制度中的特别约定：如果劳动合同或规章制度中有关于旷工扣工资的特别约定（如旷工超过一定天数将扣除全部奖金或绩效工资等），且这些约定不违反法律法规的规定，那么用人单位可以依据这些约定进行处理。但同样需要确保约定的合法性和合理性，并保障员工的合法权益。
总结与建议：旷工扣工资是一个复杂且敏感的问题，需要用人单位和员工共同遵守法律法规和规章制度的规定。作为用人单位，应建立健全的规章制度，明确旷工的定义、后果及处理方式，并确保这些规定合法合规；作为员工，应了解自己的权益和义务，遵守用人单位的规章制度，并在遭遇不合理的扣薪时及时提出异议并寻求法律救济。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。