结论：合同中约定的日违约金千分之三是否合法，需结合具体案件情况，特别是实际损失、当事人意思自治及法律法规的强制性规定来综合判断。以下从不同角度进行分析：

1. 合法性基础与意思自治原则

• 意思自治：根据《中华人民共和国民法典》第五百八十五条，合同双方当事人在平等、自愿的基础上，可以约定违约金的数额或计算方法。这意味着，日违约金千分之三的约定，在双方真实意思表示且未违反法律强制性规定的前提下，一般是合法有效的。
• 补偿与惩罚作用：合理的违约金不仅具有补偿因违约造成的损失的功能，还能对违约方产生一定的惩罚和警示效果，有助于维护交易秩序的稳定。

2. 违约金的调整机制

• 过高调整：若约定的日违约金千分之三显著超过因违约造成的实际损失，根据《民法典》的相关规定，当事人有权请求人民法院或仲裁机构予以适当减少。调整时，会综合考虑合同的履行情况、当事人的过错程度以及预期利益等因素，确保违约金的合理性和公平性。
• 实际损失为基准：判断违约金是否“过分高于”实际损失，是评估其合法性的关键。例如，在民间借贷等案件中，若借款本金小、期限短，而违约金计算后远超本金，法院很可能认定违约金过高并进行调整。
• 法律法规强制性规定：特定行业或领域可能有关于违约金上限的强制性规定。若合同约定的日违约金千分之三违反了这些规定，则超出部分无效。

3. 具体情境下的合法性考量

• 商业合同：在短期的、交易金额较大且违约可能造成严重后果的商业合同中，日千分之三的违约金可能并不被认为过高，因为这类合同中的违约行为往往会导致较大的经济损失和商誉损害。
• 小额合同：然而，在日常生活中的小额合同纠纷中，如果违约行为造成的实际损失较小，而按照日千分之三计算的违约金数额远远超过了实际损失，那么这一标准可能会被视为不合理，并有可能被法院或仲裁机构调整降低。

4. 实际操作建议

• 合理约定：在签订合同时，双方应基于实际可能发生的损失和合同履行情况，合理约定违约金的数额或计算方法，以避免后续纠纷。例如，可以约定违约金为实际损失的一定比例，或者设定一个上限，以确保违约金的合理性和可执行性。
• 明确条款：合同中应明确违约金的计算方式、支付条件及时间等，确保条款的清晰性和可执行性。这有助于在发生违约时，双方能够迅速明确各自的权利和义务，减少争议。
• 保留证据：在合同履行过程中，双方应保留好相关证据，如交易记录、沟通记录等，以证明自己的损失和对方的违约行为。这有助于在诉讼或仲裁中维护自己的合法权益。

示例说明：假设甲乙双方签订了一份买卖合同，约定如果乙方逾期交货，需按日支付千分之三的违约金。后来乙方确实逾期交货，且给甲方造成了实际损失。如果甲方能够证明其实际损失远低于按日千分之三计算的违约金数额，那么甲方在请求法院或仲裁机构调整违约金时，可能会得到支持。反之，如果甲方能够证明其实际损失与按日千分之三计算的违约金数额相当或更高，那么该约定则可能是合理的。

总结：合同中日违约金千分之三的合法性与合理性需结合具体案件情况来判断。在实际操作中，双方应充分考虑实际损失、法律法规及行业规范等因素，合理约定违约金，以维护合同的公平性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。