违反《土地管理法》第44条的处理方式需结合具体违法情形、法律后果及执法主体综合判断，核心结论如下：

1. 违法情形认定
   《土地管理法》第44条主要规范建设占用土地的审批程序，核心要求包括：

   • 农用地转用需经国务院或省级政府批准（涉及永久基本农田的必须报国务院批准）；
     
   • 集体土地征收为国有后，方可用于非农建设；
     
   • 未依法取得审批手续即占用土地的，构成违法。
     常见违法类型：未经批准擅自占用农用地建房、建厂；超批准范围用地；以“以租代征”方式规避审批等。

2. 行政处理措施
   根据违法情节轻重，自然资源主管部门可采取以下措施：

   • 责令退还土地：要求违法者将非法占用的土地返还给原权利人（如农村集体经济组织）；
     
   • 限期拆除或没收：对非法占用土地上的新建建筑物，责令自行拆除；逾期不拆的，由政府强制拆除或没收；
     
   • 罚款：按非法占用土地面积处以罚款（标准为每平方米100元至1000元，具体由地方规定）；
     
   • 复垦义务：要求违法者限期恢复土地原状（如拆除后复耕）。
     示例：某企业未经批准占用10亩耕地建仓库，可能被责令退还土地、限期拆除仓库，并处10万元至100万元罚款。

3. 刑事责任追究
   若违法占用土地行为同时触犯《刑法》，可能构成非法占用农用地罪：

   • 立案标准：非法占用基本农田5亩以上，或基本农田以外的耕地10亩以上，造成耕地种植条件严重毁坏；
     
   • 量刑：处5年以下有期徒刑或拘役，并处或单处罚金。
     关键点：需以“造成耕地严重毁坏”为前提，司法实践中通常结合土壤层破坏、灌溉设施损毁等综合认定。

4. 其他法律后果

   • 信用惩戒：违法者可能被纳入自然资源领域失信联合惩戒名单，影响贷款、项目审批等；
     
   • 责任追溯：对直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依法给予处分（如行政记过、撤职等）；
     
   • 民事赔偿：若占用土地导致他人损失（如农作物毁损），需承担民事赔偿责任。

建议：若您或他人涉及此类违法，需立即停止违法行为，主动配合调查，并咨询专业律师评估风险。具体处理需结合土地性质、占用面积、是否造成实际损害等因素综合判断，如有疑问可直接向我提问。