在非国家工作人员受贿罪案件中，对于大额未知款项的来源，举证责任主要由检察机关承担。以下是对此问题的详细分析：

1. 举证责任原则：

   • 在刑事诉讼中，举证责任主要由检察机关承担，即检察机关需要提供足够的证据来证明被告人有罪。
   • 被告人通常不需要自证清白，而是由检察机关来证明其指控的事实。

2. 大额未知款项的处理：

   • 当案件涉及大额未知款项时，检察机关需要调查并收集相关证据，以证明这些款项的来源、性质以及是否与犯罪行为有关。
   • 如果检察机关无法提供充分的证据证明这些款项与犯罪行为有关，那么被告人可能不会被追究相应的刑事责任。

3. 被告人的权利：

   • 被告人有权对检察机关的指控进行辩护，并可以提供证据来支持自己的辩护。
   • 如果被告人能够提供证据证明这些大额款项有合法来源，那么这将成为其辩护的有力证据。

4. 特殊情况：

   • 在某些情况下，如果被告人明知款项来源不明且无法说明合理来源，可能会被视为隐瞒犯罪所得或洗钱等犯罪行为。
   • 但这种情况下，检察机关仍然需要承担举证责任，证明被告人明知且故意隐瞒或洗钱。

综上所述，非国家工作人员受贿罪大额未知款项的来源举证责任主要由检察机关承担。被告人有权进行辩护，并提供证据证明款项的合法来源。如果检察机关无法提供充分证据，被告人可能不会被追究相应的刑事责任。如果你对此类问题有更多疑问或需要进一步的法律咨询，可以直接向我提问。