原配一般不能直接起诉怀孕的小三，但可以根据具体情况，通过法律途径维护自身权益。以下是对此问题的详细分析：
一、直接起诉小三的法律障碍
缺乏直接法律依据：
- 在我国法律体系中，没有直接针对“小三”的法律规定，因此原配无法以“小三破坏婚姻”为由直接提起诉讼。
- 怀孕本身并不构成违法行为，除非存在重婚或与他人同居等法定过错情形。
证据收集难度：
- 要证明配偶与小三存在不正当关系，需要确凿的证据，如亲密照片、视频、聊天记录等。
- 这些证据的收集往往涉及侵犯他人隐私，可能引发法律风险，且即便收集到，也不一定能直接作为起诉小三的依据。
二、可采取的间接法律措施
追究配偶责任：
- 离婚及损害赔偿：若配偶在婚姻关系存续期间与他人同居或重婚，原配可依据《民法典》第一千零九十一条提起离婚诉讼，并要求损害赔偿。这需要提供配偶与第三者持续稳定共同生活的证据，如租房合同、小区物业证明、证人证言等。
- 精神损害赔偿：若配偶的行为给原配造成了精神痛苦等严重后果，原配可主张精神损害赔偿。为此，需提供充分证据证明配偶与小三的同居事实及由此造成的精神伤害。
财产权益保护：
- 返还财产：若配偶擅自将夫妻共同财产赠予小三，原配可通过诉讼主张返还。根据《民法典》第一百五十三条，违背公序良俗的民事法律行为无效，因此这种赠与行为是无效的。原配需提供转账记录、消费凭证等证据，证明配偶未经同意处分共有财产。
刑事自诉途径：
- 重婚罪：若配偶与小三以夫妻名义共同生活构成重婚罪，原配可向法院提起刑事自诉。这需要提交结婚证、户籍登记资料、证人证言等形成完整证据链，以证明他们以夫妻名义共同生活。
三、其他合法权益受损时的法律行动
除了上述两种情况外，如果“小三”的行为侵犯了原配的名誉权、隐私权等其他合法权益，原配也可以根据相关法律规定提起民事诉讼，要求赔偿损失或恢复名誉等。例如，“小三”在社交媒体上公开诽谤原配，导致原配名誉受损，原配可以起诉她要求赔礼道歉并赔偿精神损害抚慰金。
四、实际操作中的建议
保持冷静与理性：
- 在处理这类复杂问题时，保持冷静和理性至关重要。避免采取过激行为，以免给自己带来不必要的法律风险。
注重证据收集：
- 无论采取何种法律途径，证据的收集都至关重要。原配应尽可能收集相关证据，如聊天记录、转账记录、亲子鉴定结果（如涉及孩子抚养问题）、证人证言等，以支持自己的诉讼请求。
寻求专业法律帮助：
- 虽然我作为律师已经给出了详细的法律分析，但每个案件的具体情况都有所不同。因此，在处理实际问题时，建议原配根据具体情况向我进一步咨询，以便制定更合适的法律策略。
综上所述，原配在面对“小三怀孕”的情况时，应根据具体法律事实和证据，选择合适的法律途径来维护自己的合法权益。同时，也应注重证据的收集和整理，以及保护自身的权益和隐私安全。