当建设工程中发生重大事故隐患，并且这些隐患导致了事故的发生，施工单位将会面临一系列严厉的处罚措施。这些处罚不仅涉及行政层面，还可能包括刑事责任和民事赔偿责任。以下是对这些处罚措施的详细解答：
一、行政处罚
罚款：
- 根据《生产安全事故报告和调查处理条例》的相关规定，如果施工单位对事故发生负有责任，将会被处以罚款。对于重大事故（虽然您问的是隐患，但隐患若导致事故，处罚会参照事故等级），罚款额度通常较高，但具体数额会根据事故的严重程度和责任划分来确定。在类似较大事故的情境下，罚款额度可能在20万元以上50万元以下，但重大事故的罚款往往会更高，具体数额需依据实际调查结果。
- 如果施工单位存在其他违法行为，如未取得安全生产许可证擅自施工，还将面临额外的罚款，如10万元以上50万元以下的罚款。
停业整顿或吊销资质证书：
- 对于造成重大安全事故的施工单位，如果情节特别严重，可能会面临责令停业整顿、降低资质等级直至吊销资质证书的处罚。这意味着施工单位可能暂时或永久失去从事相关工程建设的资格。
暂扣或吊销安全生产许可证：
- 安全生产许可证是施工单位合法从事工程建设的重要凭证。如果施工单位发生重大事故且对事故负有责任，其安全生产许可证可能会被暂扣或吊销，这将严重影响施工单位的正常运营。
二、刑事责任
工程重大安全事故罪：
- 如果施工单位违反国家规定，降低工程质量标准，造成重大安全事故（包括由隐患引发的事故），且后果特别严重的，可能构成工程重大安全事故罪。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，相关责任人员将面临五年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金；后果特别严重的，处五年以上十年以下有期徒刑，并处罚金。
其他相关罪名：
- 根据事故的具体情况和责任划分，施工单位及其相关人员还可能触犯其他罪名，如强令违章冒险作业罪、重大劳动安全事故罪等，并承担相应的刑事责任。
三、民事赔偿责任
赔偿受害人损失：
- 施工单位作为事故的责任方，需要承担民事赔偿责任，赔偿因事故造成的受害人的人身伤亡和财产损失。这包括但不限于医疗费用、丧葬费用、残疾赔偿金、死亡赔偿金以及财产损失等。
支付违约金或赔偿金：
- 如果施工单位与建设单位或其他相关方签订了合同，并因事故导致违约，还需按照合同约定支付违约金或赔偿金。
总结与建议：
建设工程中的重大事故隐患是极其危险的，不仅可能导致严重的人员伤亡和财产损失，还会使施工单位面临严厉的处罚。因此，施工单位应高度重视安全生产管理，加强隐患排查和治理工作，确保工程建设的安全进行。同时，建议施工单位定期组织员工进行安全生产培训，提高员工的安全意识和操作技能，从源头上减少事故隐患的产生。如果发生事故，施工单位应积极配合相关部门的调查和处理工作，承担应有的责任，并采取措施防止类似事故的再次发生。