结论：入股10万退股只退1万是否合法，不能一概而论，这主要取决于入股时签订的协议内容以及公司当前的财务状况和法律规定。以下从不同角度进行分析：
一、协议约定角度
有明确约定：
- 如果入股时签订的协议中明确规定了退股时的退款方式和金额，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么应当按照协议约定执行。即，如果协议中确实写明退股时只退1万，且这一条款合法有效，那么这种退款方式就是合法的。
无明确约定或约定违法：
- 如果协议中没有明确规定退股时的退款方式，或者约定的退款方式违反了法律法规的强制性规定（如显失公平、欺诈等），那么这种退款方式可能是不合法的。在这种情况下，股东有权要求按照公司当前的财务状况和法律规定进行合理退款。
二、公司财务状况角度
公司盈利：
- 如果公司处于盈利状态，且股东退股时公司的净资产足以支付股东的原始投资及合理回报，那么只退1万显然是不合理的。股东有权要求按照其持股比例分享公司的盈利部分，或者至少获得其原始投资的合理回报。
公司亏损或破产：
- 如果公司处于亏损状态或面临破产，且股东退股时公司的净资产不足以支付所有债务和股东的原始投资，那么退款金额可能会受到限制。在这种情况下，即使股东原始投资了10万，也可能只能获得部分退款或无法获得退款。但即便如此，退款方式也应当遵循公平、合理的原则，不能随意剥夺股东的合法权益。
三、法律规定角度
- 根据《公司法》等相关法律法规的规定，股东退股时应当遵循公平、合理的原则，保护股东的合法权益。如果退款方式违反了法律法规的强制性规定（如显失公平、欺诈、违反公司章程等），那么股东有权要求撤销该退款方式，并寻求法律救济。
法律建议
审查协议：
- 首先，股东应当仔细审查入股时签订的协议，了解其中关于退股退款的具体约定。如果协议中存在不明确或违法的条款，应当及时与公司协商修改或寻求法律救济。
了解公司财务状况：
- 其次，股东应当了解公司当前的财务状况，包括资产、负债、盈利等情况。这有助于股东判断退款金额的合理性，并在必要时要求公司进行财务审计或提供相关财务资料。
寻求法律帮助：
- 如果股东认为退款方式不合法或不合理，且无法与公司协商解决，那么应当及时寻求法律帮助。可以咨询专业律师，了解自己的合法权益和维权途径，并通过法律途径维护自己的权益。
示例说明：假设股东A入股时投资了10万，并签订了协议。后来，A决定退股，但公司只同意退1万。如果协议中确实写明了退股时只退1万，且这一条款合法有效，同时公司当前财务状况也允许这样退款（尽管这在实际中可能较为罕见），那么这种退款方式就是合法的。但如果协议中没有明确规定或约定违法，或者公司当前财务状况不允许这样退款，那么A就有权要求按照更合理的方式进行退款，并可以通过法律途径维护自己的权益。