小区内的违章建筑主要由以下几个部门负责管理：
城乡规划主管部门（如自然资源局或规划局）
- 核心职责：城乡规划主管部门是认定建筑物是否违反城乡规划的主要机构。如果小区内的建筑未取得建设工程规划许可证，或者未按照许可证的规定进行建设，那么该建筑就可能被认定为违章建筑。城乡规划主管部门有权责令停止建设，并根据情况采取限期改正、罚款、限期拆除等措施。
- 法律依据：根据《中华人民共和国城乡规划法》第六十四条，未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的，由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门负责查处。
城市管理综合行政执法部门（如城管局）
- 核心职责：城市管理综合行政执法部门负责执行城乡规划主管部门的处罚决定。一旦城乡规划主管部门认定某建筑为违章建筑，并下达了处罚决定，城市管理综合行政执法部门就会负责具体的执行工作，如拆除违建、罚款等。
- 协作机制：在实际操作中，城市管理综合行政执法部门往往与城乡规划主管部门紧密合作，共同打击违章建筑。特别是在基层执法中，城市管理综合行政执法部门扮演着关键角色。
乡镇人民政府（针对农村或未设规划部门的区域）
- 特殊权限：在乡、村庄规划区内，如果发生违章建筑的情况，乡镇人民政府有权直接责令停止建设、限期改正。如果逾期不改正，乡镇人民政府还可以组织拆除。
其他协同部门
- 住建部门：虽然住建部门主要负责建筑施工安全与质量的监督，但如果违章建筑存在安全隐患，住建部门也会介入处理。
- 消防部门：如果违章建筑占用了消防通道或者影响了消防安全，消防部门也会立案查处。
- 物业企业：物业企业虽然不是执法部门，但它们在小区内负有监督和管理职责。一旦发现违章建筑，物业企业应当及时劝阻，并向相关部门报告，配合执法行动。
处理流程与业主应对策略：
投诉举报渠道：
- 如果您发现小区内有违章建筑，首先可以向物业企业反映，要求其履行制止和上报义务。
- 您也可以拨打12345政务服务热线或向当地城管、规划部门提交书面材料进行举报。
- 部分地区还提供了在线举报平台，如“全国违法建设治理信息平台”，您也可以通过这些平台进行举报。
执法程序要点：
- 城乡规划主管部门或城市管理综合行政执法部门会进行现场勘查，确认是否属于违建。
- 如果确认是违建，相关部门会下达《责令停止违法行为通知书》，要求限期自行拆除。
- 如果逾期未拆除，相关部门会组织强制拆除，费用由违建者承担。
业主注意事项：
- 在投诉举报时，请尽量保留证据，如拍摄照片、视频记录违建行为，并留存沟通记录。
- 如果对处罚决定不服，您可以在60日内申请行政复议或6个月内提起行政诉讼来维护自己的合法权益。
总结与建议：
小区内的违章建筑管理是一个涉及多个部门、多方协作的综合性工作。作为业主，如果您发现小区内有违章建筑，可以通过物业、政务服务热线或相关部门进行投诉举报。同时，也建议您在购房时核查房屋的合法性，装修前咨询审批流程，避免误触红线。如果您在处理违章建筑问题过程中遇到任何法律难题，都可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。