房屋违章建筑的管理涉及多个政府部门，具体由哪个部门管理需根据违章建筑的具体情况和所在地的法律法规来确定。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
城市管理综合行政执法部门（城管部门）：
- 在许多城市，城管部门是违章建筑管理的主要力量。它们负责城市规划区内违反规划建设管理规定的违法建筑的查处工作，包括未经规划许可擅自搭建的建筑物、构筑物等。
- 城管部门有权责令停止建设、限期拆除，并在某些情况下参与协调各部门工作，合力处理违建问题。
城乡规划主管部门（城乡规划局）：
- 城乡规划主管部门负责城乡规划的实施监督管理，对未取得建设工程规划许可证或未按许可证规定进行建设的违法建筑进行查处。
- 它们可以依法作出处罚决定，包括责令改正、罚款、限期拆除等。在查处违建过程中，城乡规划主管部门通常承担主要的认定和处罚职责。
乡镇人民政府：
- 对于乡、村庄规划区内的违法建设行为，乡镇人民政府具有管辖权。
- 它们可以责令停止建设、限期改正；逾期不改正的，可以拆除。乡镇政府对于本辖区农村集体土地上的违建负有直接管理责任。
土地行政主管部门（国土资源管理局）：
- 当违章建筑涉及非法占用土地时，如未经批准或骗取批准非法占用土地进行建设，土地行政主管部门将介入管理。
- 它们负责审查建房用地的合法性，查处未依法取得用地手续的建房行为，并有权责令退还非法占用的土地，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施。
建设行政主管部门（住房和城乡建设局）：
- 虽然建设行政主管部门主要关注建设工程的施工许可和质量管理，但在某些情况下，它们也可能对未依法办理施工许可手续进行建设的违法行为有管辖权。
- 它们可以依法作出责令改正、停止施工及罚款等处罚决定。
实际应用中的注意事项：
- 不同地区可能会根据实际情况对违建管理职责进行调整和明确，可能设立专门的违法建设整治办公室等机构来协调各部门工作。
- 在处理违章建筑问题时，各部门之间可能会存在职责交叉或重叠的情况。因此，在实际操作中，需要根据具体情况和当地法律法规来确定具体的管理部门。
- 如果您发现违章建筑或需要了解相关处理问题，建议首先向当地城乡规划主管部门或城市管理部门咨询，以获取最准确、最权威的指导和帮助。
法律后果提示：
- 违章建筑不仅可能面临被拆除的风险，还可能涉及罚款、没收违法收入等法律后果。
- 对于涉及非法占用土地的违章建筑，还可能面临土地退还、恢复土地原状等额外处罚。
综上所述，房屋违章建筑的管理是一个涉及多个政府部门、依据多部法律法规的复杂过程。如果您有具体的违章建筑问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供详细的法律建议和指导。