结论前置：公司以员工自离为由不发工资是违法的。劳动者为公司提供了劳动，就有权获得相应的劳动报酬，自离并不影响这一基本权利。

法律依据与解析

1. 《中华人民共和国劳动法》第五十条：工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这一规定明确指出了用人单位必须按时足额支付劳动者工资，不得以任何理由克扣或拖欠，自离也不例外。

2. 《工资支付暂行规定》第九条：劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。这意味着，无论劳动者是以何种方式离职，用人单位都有义务在离职时一次性付清工资。

3. 《中华人民共和国劳动合同法》第三十条：用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。这进一步强调了用人单位支付工资的义务，不受劳动者离职方式的影响。

自离情况下的工资支付

自动离职（自离）通常指的是劳动者未向用人单位提前通知，擅自离开工作岗位和所在单位的行为。尽管这种行为可能违反了公司的规章制度以及劳动合同中关于离职程序的约定，但这并不构成公司拒绝支付工资的合法理由。因为劳动者一旦为公司提供了劳动，就有权获得相应的劳动报酬。公司不能因员工选择了不当的离职方式而剥夺其获取工资的权利。

特殊情况下的处理

如果员工的自离行为给公司造成了直接经济损失，公司可以依据《工资支付暂行规定》第十六条的规定，要求员工赔偿经济损失。但需要注意的是，从员工工资中扣除的赔偿部分每月不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。这意味着，即使员工需要赔偿公司损失，公司也不能以此为由完全拒绝支付工资。

应对措施与建议

面对公司以自离为由不发工资的情况，员工可以采取以下措施来维护自己的合法权益：

1. 协商解决：首先尝试与公司进行友好协商，明确表达自己对工资权益的诉求，并寻求双方都能接受的解决方案。

2. 投诉与仲裁：如果协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉，请求其介入调查并督促公司支付工资。此外，员工还可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，通过法律途径来维护自己的工资权益。

3. 保留证据：在采取任何行动之前，员工应确保收集并保留所有与工作相关的证据，如工作记录、考勤表、工资条等。这些证据将在后续的投诉或仲裁过程中发挥重要作用。

总结与提醒

公司以员工自离为由不发工资是违法的。劳动者在为公司提供劳动后，有权获得相应的劳动报酬。即使发生自动离职的情况，公司也应当按劳动者实际出勤天数及劳动合同约定的工资标准支付工资。如遇此类纠纷，员工应依法采取相应措施来维护自己的合法权益。同时，我也提醒广大劳动者，在离职时尽量按照法律规定的程序进行，如提前通知、完成交接等，以避免不必要的法律纠纷和经济损失。如果有任何法律问题，欢迎直接向我咨询。