光伏公司租赁农户屋顶在符合一定条件下是合法的。以下从多个角度为您详细分析：
一、合同层面的合法性
合同主体适格：
- 签订合同的双方（出租方即农户和承租方即光伏公司）必须具备相应的民事行为能力。农户作为屋顶的所有者或合法使用权人，光伏公司作为具备合法经营资格的企业，双方均有权签订租赁合同。
意思表示真实：
- 合同的签订必须基于双方的真实意愿，不存在欺诈、胁迫等情形。农户应清楚了解租赁屋顶的用途（安装光伏发电设备）、租赁期限、租金及支付方式等关键条款，并自愿接受合同的约束。
合同内容合法：
- 合同内容必须符合国家法律法规的要求，不得违反法律的强制性规定。例如，租赁期限不得超过二十年，超过部分无效；租金及其支付方式、期限等应明确约定，且不得存在显失公平或违法条款。
明确租赁物及用途：
- 合同中应明确指出租赁的是农户房屋的屋顶，并明确约定用于安装光伏发电设备。这有助于确保双方对租赁物的理解和使用达成一致，避免后续纠纷。
二、建设审批层面的合法性
规划许可：
- 安装光伏设施需符合当地城乡规划和建设要求，不得影响城市景观或周边居民权益。光伏公司应向当地规划部门咨询并办理相关审批手续，确保安装行为合法许可。
安全与质量标准：
- 光伏设备的安装必须符合国家和地方的安全与质量标准。光伏公司应具备相应资质，光伏设备需通过质量检测。施工过程中应遵循规范，确保光伏设施安全运行，避免安全事故。
三、特殊情形的考量
农村集体土地上的房屋屋顶租赁：
- 如果涉及到农村集体土地上的房屋屋顶租赁，需经过本集体经济组织成员的村民会议三分之二以上成员或者三分之二以上村民代表的同意，并报乡（镇）人民政府批准。未经此程序签订的合同可能会被认定为无效。
损害集体或他人利益：
- 租赁屋顶的行为如果损害了农村集体组织或其他村民的合法权益（如影响采光、通风等相邻权益），合同也可能被认定为无效。因此，在签订合同前，光伏公司应充分评估项目对周边环境的影响，并采取必要措施避免损害他人利益。
四、法律建议
仔细审查合同条款：
- 农户在签订租赁合同时，应仔细审查合同内容，确保所有条款都符合法律法规的要求，并充分保护自身的合法权益。特别是关于租赁期限、租金及支付方式、双方权利义务、违约责任等关键条款，应明确无误。
核实光伏公司资质：
- 农户在签订合同前，应核实光伏公司的营业执照、电力业务许可证等相关证明文件的真实性，确保其具有合法经营资格和技术实力。这有助于降低合作风险，保障项目顺利实施。
关注政策变化：
- 光伏发电行业受国家政策影响较大。双方应关注相关政策的变化，并在合同中约定如何应对政策调整对合同履行的影响。这有助于确保合同的稳定性和可执行性。
及时寻求法律援助：
- 在合同签订前后或项目实施过程中，如遇纠纷或问题，农户应及时向专业律师咨询并寻求法律援助。这有助于维护自身合法权益，避免损失扩大。
总结来说，光伏公司租赁农户屋顶在符合合同主体适格、意思表示真实、合同内容合法、取得规划许可并符合安全与质量标准等条件下是合法的。但农户在签订合同时应仔细审查合同条款、核实光伏公司资质、关注政策变化，并在必要时及时寻求法律援助。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。