针对您提出的“特种车作业时发生事故保险公司是否应当赔偿”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，特种车作为机动车的一种，根据《机动车交通事故责任强制保险条例》的规定，是必须投保机动车交通事故责任强制保险（简称“交强险”）的。交强险的主要目的在于保障交通事故中受害人的权益，对符合条件的受害人进行赔偿。
一、一般交通事故赔偿情况
当特种车在道路上发生交通事故，且该事故造成了本车人员、被保险人以外的受害人人身伤亡或财产损失时，交强险将在其责任限额内予以赔偿。例如，若工程救险车在救援途中与其他车辆发生碰撞，导致对方车辆受损或人员受伤，此时交强险将负责赔偿。
二、特殊作业事故赔偿的争议点
然而，特种车在作业过程中发生事故的情况相对复杂。虽然交强险主要针对的是道路交通事故，但在部分地方法院的司法实践中，如果特种车的作业状态与行驶状态紧密关联，且在作业时造成了第三者的人身伤亡或财产损失，这种情况有时会被视为“交通事故”并适用交强险进行赔偿。不过，这一做法并非全国统一，存在地区差异。因此，特种车车主在作业过程中应特别注意风险，并考虑通过增加商业保险来弥补可能的赔偿缺口。
三、交强险的责任限额
交强险的责任限额是明确的，它分为死亡伤残赔偿限额、医疗费用赔偿限额、财产损失赔偿限额以及被保险人在道路交通事故中无责任的赔偿限额。自2020年9月19日车险综合改革后，这些限额有了具体的数值，如死亡伤残赔偿限额为18万元（有责任时）等。
四、免责情形
当然，交强险并非在所有情况下都会进行赔偿。以下情形中，保险公司在交强险责任限额范围内仅垫付抢救费用，并有权向致害人追偿，同时对于受害人的财产损失则不承担赔偿责任：
五、建议与总结
鉴于特种车工作性质的特殊性及其可能面临的赔偿风险，我建议您在投保交强险的同时，考虑增加商业保险的投保额度，如第三者责任险、车上人员责任险等。这样，在面临各种复杂的事故情况时，您能够更有效地保护自身和他人的权益，减少因事故带来的经济损失。
综上所述，特种车作业时发生事故保险公司是否赔偿，取决于事故的具体情况、作业状态与行驶状态的关联性以及当地的司法实践。为了更全面地保障自身权益，建议您在投保交强险的基础上，再考虑增加商业保险的投保。