小区地下车库收费在符合相关法律法规和合同约定的情况下是合法的。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据与产权归属
《中华人民共和国民法典》相关规定：
- 根据《民法典》第二百七十五条，建筑区划内规划用于停放汽车的车位、车库的归属，由当事人通过出售、附赠或者出租等方式约定。这意味着，如果开发商或物业公司拥有地下停车位的产权或使用权，他们有权决定如何处置这些车位，包括出租并收取费用。
- 占用业主共有的道路或者其他场地用于停放汽车的车位，虽然属于业主共有，但这并不排除对这类车位进行合理管理并收取必要费用的可能性，前提是需经过业主大会的同意。
产权归属的明确性：
- 如果地下车库的产权属于开发商，且未出售给业主，或者虽然已随房屋出售但保留了使用权（如人防车位在特定条件下的使用），那么开发商或受其委托的物业公司有权根据相关法律法规和合同约定收取费用。
- 对于业主共有的车位，物业公司在未经业主大会同意的情况下擅自收费是不合理的。业主共有车库的收费应经过业主大会的讨论和决定，确保收费的透明性和公正性。
二、收费合法性条件
合同约定：
- 物业服务合同中应明确约定地下车库的物业服务内容及收费标准。如果合同中有相关约定，且该约定不违反法律法规，那么物业按照合同约定收费通常是合理的。
- 如果合同中未涉及地下车库收费的相关条款，或者约定不明确，那么物业公司不能随意收费。
收费标准合理性：
- 收费应基于合理的成本考虑和服务水平，不能过高或过低。过高的收费可能构成不当得利，而过低的收费则可能无法覆盖管理和维护成本。
- 收费标准通常需要在物业服务合同中明确约定，并向业主公示。一些地区物价部门也会对物业服务收费进行指导价管理，物业公司应遵守相关规定。
程序合法性：
- 收费前应进行充分的沟通和协商，确保业主的知情权和参与权。对于重大收费调整，可能需要召开业主大会进行讨论和表决。
- 收费行为应符合相关法律法规的规定，不得存在欺诈、胁迫等违法行为。
三、特殊情况下的收费问题
人防车位：
- 人防车位作为国防资产的组成部分，其所有权归国家所有。开发商无权出售人防车位，但可以通过租赁方式将车位提供给业主使用并收取租金。然而，人防车位的租赁和使用需遵守相关法律法规和人防部门的规定，且租金标准可能受到一定限制。
违规收费：
- 如果物业公司未经业主同意擅自提高收费标准或增设收费项目，或者利用小区公共区域设置停车位并私自收费等行为均属违法。业主有权向相关部门投诉并要求退还多收的费用。
四、业主应对措施
如果业主认为小区地下车库收费不合理或存在违规行为，可以采取以下措施：
- 与物业公司沟通协商：首先尝试与物业公司进行沟通，了解其收费依据和标准，并提出自己的质疑和要求。
- 向相关部门投诉：如果沟通无果，可以向当地的房地产管理部门、消费者协会等相关机构投诉，寻求帮助和支持。
- 法律途径维权：如果以上措施均无法解决问题，业主可以通过法律途径维护自己的合法权益，如提起诉讼或申请仲裁等。
总结来说，小区地下车库收费的合法性取决于产权归属、合同约定、收费标准合理性以及程序合法性等多个方面。业主在面对收费问题时，应首先明确这些关键点，再对收费的合理性进行判断，并采取相应的措施来维护自己的权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。