公司与员工签订保密协议，在符合法律规定的前提下，是合法且有效的。这一做法有助于保护公司的商业秘密等合法权益，同时也明确了员工的保密义务和责任。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据
- 《中华人民共和国劳动法》第二十二条：明确劳动合同当事人可以在劳动合同中约定保守用人单位商业秘密的有关事项。
- 《中华人民共和国劳动合同法》第二十三条：详细规定用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项。对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。
二、保密协议的合法性要件
主体适格：
- 公司需具备法人资格，有民事行为能力。
- 员工需达到法定劳动年龄，具有正常的认知和判断能力。
内容合理合法：
- 保密信息应为公司合法拥有的商业秘密、技术秘密等。
- 协议内容不得违反法律法规的强制性规定。
- 保密期限不能无限期，应以商业秘密的存续期限为限。
- 不能限制员工的基本权利，如过度限制其就业自由。
意思表示真实：
经济补偿（若涉及竞业限制）：
- 若保密协议中包含竞业限制条款，公司应在竞业限制期限内按月给予员工经济补偿。
- 补偿标准可由双方约定，若无约定，通常按离职前十二个月平均工资的一定比例（如30%-50%，具体比例可能因地区和行业而异）确定，但不得低于当地最低工资标准。
三、保密协议的内容与注意事项
- 内容：通常包括保密范围、保密期限、保密义务、违约责任等。
- 合法性：确保协议内容不违反法律、行政法规的强制性规定。
- 平等自愿：双方应在平等、自愿的基础上签订，避免欺诈、胁迫。
- 合理性：保密期限应合理，符合商业秘密的实际保护需求；保密范围应明确具体，避免过于宽泛。
四、员工的权利与义务
- 权利：员工有权了解协议内容，确保条款合法、合理，并明确自己的权利和义务。对于违法或不合理的部分，员工有权拒绝签订。
- 义务：员工应遵守保密协议中的各项规定，履行保密义务，防止商业秘密泄露。如违反协议，可能需承担违约责任，包括支付违约金、赔偿损失等。
五、实际案例与风险提示
- 案例：某公司员工在离职后泄露了公司的商业秘密，导致公司遭受重大损失。公司依据保密协议向员工提起诉讼，要求赔偿损失。法院经审理认为，保密协议合法有效，员工应承担违约责任，判决员工赔偿公司损失。
- 风险提示：公司在签订保密协议时，应确保协议内容合法、合理，并明确告知员工保密信息的范围、保密期限以及违约责任等内容。员工在签订前应仔细阅读协议条款，确保自身权益得到保障。如发现协议存在违法或不合理的部分，应及时与公司沟通或寻求法律援助。
综上所述，公司与员工签订保密协议是合法且有效的，但前提是必须符合相关法律法规的规定。通过签订保密协议，公司可以更好地保护其商业秘密等合法权益，同时也明确了员工的保密义务和责任。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。