公司绩效考核扣员工工资在符合法律规定的条件下是合法的，但若违反相关法律规定则不合法。以下是对此问题的详细分析：
合法情形及条件
制度依据：
- 企业应制定明确的绩效考核制度和薪酬管理制度，这些制度需经过民主程序（如职工代表大会或全体职工讨论）制定，并向劳动者公示或告知。绩效考核制度应明确考核标准、考核周期、考核结果的应用等关键内容。
- 举例：若公司制定了详细的绩效考核制度，明确了考核标准、周期及结果应用，且该制度经过了职工代表大会的讨论通过，并向员工进行了公示，那么公司基于该制度进行绩效考核并扣减工资是合法的。
合同约定：
- 用人单位与劳动者签订的劳动合同中应明确约定绩效工资的发放条件和扣减规则。若劳动合同中有“因劳动者未能达到绩效考核标准，用人单位可以扣减绩效工资”的类似条款，且该条款不违反法律法规的强制性规定，则企业有权根据绩效考核结果扣减工资。
- 举例：劳动合同中明确约定，若员工绩效考核未达标，公司有权扣减其绩效工资的10%，且该约定不违反法律法规，那么公司在此情况下扣减工资是合法的。
合理性与公正性：
- 绩效考核过程应公开透明，确保考核结果的客观性和公正性。扣减工资的比例和幅度应合理，避免过度扣减导致劳动者收入过低。
- 举例：公司在进行绩效考核时，应确保考核过程公开透明，考核标准明确且合理，扣减工资的比例和幅度也应合理，如扣减比例不超过员工绩效工资的20%，以确保劳动者的收入不会过低。
法律底线：
- 扣减后的工资不得低于当地最低工资标准。扣减工资的行为不得违反《中华人民共和国劳动法》《中华人民共和国劳动合同法》等相关法律法规的规定。
- 举例：即使员工绩效考核未达标，公司扣减其工资后，其实际工资也不得低于当地最低工资标准，否则公司的行为将构成违法。
不合法情形及后果
无制度或合同依据：
- 若企业未制定绩效考核制度或未在劳动合同中约定绩效工资的扣减规则，则企业无权擅自扣减劳动者的工资。
- 后果：劳动者有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求企业补发工资并承担相应的法律责任。
考核过程不公正：
- 若绩效考核过程存在主观臆断、暗箱操作等行为，导致考核结果不公正，则企业基于该结果扣减工资的行为可能被视为违法。
- 后果：劳动者同样有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求企业重新进行绩效考核或补发工资。
违反法律底线：
- 若扣减后的工资低于当地最低工资标准，或扣减行为违反了其他法律法规的强制性规定，则企业的行为构成违法。
- 后果：企业将面临劳动监察部门的处罚，并需补发劳动者工资及支付相应的经济补偿。
滥用绩效考核扣工资：
- 用人单位不得以绩效考核为手段进行恶意扣减或无故克扣工资，如为降低成本而故意将大部分员工评定为不达标并扣绩效工资，这种行为是违法的。
- 后果：劳动者有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求企业停止违法行为并补发工资。
建议：若您遇到公司绩效考核扣工资的情况，首先应查看公司的绩效考核制度和劳动合同中是否有相关约定，并评估考核过程的公正性和合理性。若认为公司的行为违法，您可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁以维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。