药品代加工是否合法，这个问题不能一概而论，它取决于多个因素，包括代加工方的资质、加工过程是否符合法规要求、以及最终产品的质量和安全性等。

首先，从资质角度来看，药品代加工必须由具备相应资质和条件的企业或个人进行。这通常意味着代加工方需要获得药品生产许可证，并符合药品生产质量管理规范（GMP）等相关法规要求。如果代加工方没有这些资质，那么其进行的药品代加工活动就是非法的。

其次，加工过程也必须严格遵守相关法规。这包括使用符合标准的原材料、采用正确的生产工艺、进行必要的质量控制和检验等。如果加工过程中存在违规行为，如使用劣质原材料、擅自改变生产工艺、未进行必要的质量检验等，那么这样的药品代加工也是不合法的。

再者，最终产品的质量和安全性也是判断药品代加工是否合法的重要依据。如果代加工出的药品存在质量问题或安全隐患，如成分不符、含有有害物质、疗效不明确等，那么这样的药品不仅不能上市销售，代加工方还可能面临法律责任。

以您提供的重庆铜梁的案例为例，陈嵘在未取得医师执业资格及药品批准证明的情况下，自行采购中药、西药进行代加工并销售，这明显违反了相关法规。他的行为不仅导致了假药的生产和销售，还对消费者的健康造成了潜在威胁。因此，法院以生产、销售假药罪判处其有期徒刑和罚金是合理的。

此外，该案例还暴露了中药代加工门店存在的经营乱象，如加工设施简陋、卫生条件差、经营者没有健康证等。这些问题都可能导致药品的质量和安全性受到影响，因此也需要相关部门加强监管和整治。

综上所述，药品代加工是否合法取决于多个因素。为了确保药品的质量和安全性，建议消费者在选择药品代加工服务时，务必选择具备相应资质和条件的企业或个人，并了解其加工过程和质量控制措施。同时，相关部门也应加强监管和整治力度，打击非法药品代加工行为，保障公众用药安全。