结论前置：分居两年起诉离婚，即使一方不同意，法院在调解无效且确认夫妻感情确已破裂的情况下，一般会判决准予离婚。但这并非绝对，是否准予离婚还需综合考虑夫妻感情是否确已破裂及其他相关因素。

法律依据与详细分析

根据《中华人民共和国民法典》第一千零七十九条的相关规定，我们可以从以下几个方面进行详细分析：

1. 调解优先：

   • 人民法院在审理离婚案件时，首先会进行调解，这是必经程序。调解的目的是促使夫妻双方和解或达成调解协议，以维护家庭稳定和社会和谐。

2. 感情破裂为准则：

   • 若经调解无效，且确认夫妻感情确已破裂，则人民法院应准予离婚。其中，“因感情不和分居满二年”是认定夫妻感情确已破裂的法定情形之一。这意味着，如果夫妻双方因感情不和已经分居满两年，且没有和好的可能，那么法院在调解无效的情况下，应当判决准予离婚。

3. 分居条件的严格解读：

   • 分居原因：必须是因感情不和而分居，而非工作、学习等客观原因导致的分居。如果分居是因为工作调动、学习深造等原因，那么即使分居时间满两年，也不构成法定离婚情形。
   • 分居时间：分居必须持续且已满两年，从分居的第二日算起至向法院立案提起离婚诉讼时为止。期间若有偶尔同居，可能影响分居时间的连续计算。例如，如果夫妻双方在分居期间有短暂的同居行为，那么这可能会被视为感情尚未完全破裂的证据，从而影响法院的判决。
   • 证据要求：提起诉讼的一方需提供充分证据证明上述分居事实，如租房合同、居委会证明、聊天记录等能直接或间接证明因感情不和而分居的证据。这些证据需要形成完整的证据链，以证明夫妻双方确实因感情不和而分居满两年。

4. 实际操作的灵活性：

   • 尽管“因感情不和分居满两年”是认定夫妻感情破裂的重要情形，但法院在判决时仍会综合考虑其他因素，如双方是否有和好的可能、子女抚养问题、财产分割情况等。如果法院认为通过调解仍有和好的可能，或者子女抚养、财产分割等问题尚未解决，那么即使满足分居两年的条件，也可能不会立即判决离婚。
   • 若在诉讼过程中，法院认为夫妻感情尚未完全破裂，或者存在和好的可能，那么法院可能会判决不准离婚，并建议双方通过沟通、协商等方式解决矛盾。

5. 特殊情形的考虑：

   • 如果一方被宣告失踪，另一方提起离婚诉讼的，应当准予离婚。这是因为失踪方已经无法履行夫妻义务，婚姻关系已经名存实亡。
   • 经人民法院判决不准离婚后，双方又分居满一年，一方再次提起离婚诉讼的，应当准予离婚。这是为了给夫妻双方一个冷静期，如果经过一年的分居生活，双方仍然无法和解，那么说明夫妻感情确实已经破裂，法院应当判决准予离婚。

实际操作建议

1. 收集证据：

   • 如果您打算起诉离婚，并且认为已经满足因感情不和分居满两年的条件，那么您需要收集充分的证据来证明这一点。这些证据可以包括租房合同、居委会证明、聊天记录、证人证言等。

2. 积极参与调解：

   • 在诉讼过程中，法院会进行调解。您应该积极参与调解过程，表达自己的真实意愿和诉求。如果调解成功，那么您可以和对方达成调解协议，从而避免漫长的诉讼过程。

3. 考虑子女和财产问题：

   • 在起诉离婚时，您还需要考虑子女抚养和财产分割问题。这些问题可能会影响法院的判决结果。因此，您需要提前做好准备，明确自己的诉求和底线。

4. 寻求专业帮助：

   • 离婚案件涉及法律、情感、财产等多个方面，处理起来比较复杂。如果您对法律程序、证据收集等方面不太熟悉，那么您可以向我咨询，我会根据您的具体情况提供有针对性的法律建议和代理服务。

总结：分居两年起诉离婚，即使一方不同意，法院在调解无效且确认夫妻感情确已破裂的情况下，一般会判决准予离婚。但具体是否准予离婚还需综合考虑多种因素。如果您有相关法律问题或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。