当您起诉时发现公司已经注销，虽然公司不能直接作为诉讼主体，但您仍可以通过追究相关责任人的责任来维护自身权益。具体处理方式需根据公司注销的合法性及是否存在未了结的债权债务来定。以下是从不同角度为您详细分析的处理方式：
一、公司依法定程序注销的情况
民事主体资格消灭：
- 公司依法定程序注销后，其民事主体资格消灭，一般不能再作为诉讼主体。但这并不意味着您的权益无法得到保障，关键在于是否存在未依法履行清算义务或股东/第三人承诺承担债务的情况。
追究相关责任主体：
- 如果公司在注销过程中存在未依法清算即办理注销登记的情形，股东或清算组成员可能需要承担相应的法律责任。根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国公司法〉若干问题的规定（二）》第十九条，有限责任公司的股东、股份有限公司的董事和控股股东，以及公司的实际控制人在公司解散后，恶意处置公司财产给债权人造成损失，或者未经依法清算，以虚假的清算报告骗取公司登记机关办理法人注销登记的，债权人可以主张其对公司债务承担相应赔偿责任。
权利义务承继者：
- 如果公司在注销前将债权债务转让给了其他公司或个人，您可以向该承继者主张权利。这需要您查看公司注销前的财务记录、合同协议等文件，以确定是否存在债权债务的转让情况。
二、公司违法注销的情况
向工商行政管理部门反映：
- 如果您发现公司违法注销，可以向工商行政管理部门反映情况，要求查处并撤销注销登记，恢复公司状态以提起诉讼。
直接起诉责任人：
- 若工商部门不撤销注销登记，您可以直接起诉公司的股东、实际控制人等责任人，要求其对公司债务承担清偿责任。这需要您收集充分的证据证明他们的违法行为与您的损失之间存在因果关系。
三、具体法律行动建议
追加被告或第三人：
- 如果发现公司的股东、清算组成员或其他责任主体存在违法行为，您可以在诉讼中追加他们为被告或第三人。这需要您提供充分的证据证明他们的违法行为与您的损失之间存在因果关系。
提起新的诉讼：
- 如果无法在原诉讼中继续追究责任，您可以考虑根据具体情况提起新的诉讼，如针对股东、清算组成员或其他责任主体的损害赔偿诉讼。
申请强制执行：
- 如果在诉讼过程中或诉讼前，公司已经部分履行了义务但仍有剩余债务未清偿，且公司有可供执行的财产（如未分配完的财产、对外投资形成的股权等），您可以向法院申请强制执行。
四、注意事项
及时行动：
- 一旦发现公司注销的情况，您应尽快采取行动，以免错过维权的最佳时机。时间拖得越久，证据可能越难收集，维权难度也可能越大。
保留证据：
- 妥善保管与公司交易相关的所有文件和记录，包括合同、发票、付款凭证等。这些证据在维权过程中将起到至关重要的作用。
了解法律规定：
- 熟悉相关法律法规和司法解释的规定，以便更好地维护自己的合法权益。如果您对法律规定不熟悉，可以向我咨询，我会为您提供专业的法律解释和建议。
总结来说，面对已注销的公司，您并非束手无策。通过仔细分析公司注销情况、确定合适的诉讼主体、准备充分的起诉材料，并严格遵循法律程序，您仍有可能成功维护自身的合法权益。如果您在此过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。