自由职业者协议签订的影响主要体现在劳动关系认定、社保权益以及法律责任等多个方面，以下为您详细阐述：
一、劳动关系认定
协议内容与实际用工关系：自由职业者协议，如《自由职业者挂靠经营协议》，其内容往往试图界定双方为挂靠或合作关系，而非劳动关系。然而，法院在审理劳动争议案件时，会以“实际用工关系”作为劳动关系认定的核心标尺。若实际用工关系符合劳动关系的特征，如存在管理与被管理、提供劳动与支付报酬等关系，即便协议中有规避劳动关系的条款，也可能被法院认定为无效，从而确认双方存在劳动关系。
案例启示：以宣城市宣州区人民法院审理的案件为例，骑手余某虽与广西某宝公司签订了《自由职业者挂靠经营协议》，但法院根据实际用工关系，判决余某与某物流服务公司存在劳动关系。这表明，协议内容不能完全决定劳动关系的认定，实际用工情况才是关键。
二、社保权益
社保缴纳与保障：自由职业者协议签订后，若被认定为劳动关系，则自由职业者有权享受企业职工同等的社保待遇，包括养老保险、失业保险和工伤保险等。这有助于保障自由职业者的基本生活需求，减轻其因年老、失业或工伤等带来的经济压力。
政策依据：根据《广东省灵活就业人员参加企业职工基本养老保险办法》、《广东省灵活就业人员参加失业保险办法》以及《广东省单位从业的灵活就业劳动者等特定人员参加工伤保险的办法》等政策，灵活就业人员（包括自由职业者）可以自愿参加企业职工基本养老保险、失业保险和工伤保险，享受相应的社保待遇。
三、法律责任
协议合规性：自由职业者协议必须遵守相关法律法规，不得规避或减轻用人单位的法律责任。若协议中存在不合理加重自由职业者风险、规避用工责任等条款，可能被法院认定为无效，用人单位仍需承担相应的法律责任。
维权意识：自由职业者在签订协议时，应提高法律意识和证据意识，仔细阅读协议条款，了解自己的权益和义务。若自身合法权益受到侵害，应依法寻求法律保护，如向劳动人事部门提起仲裁或向法院提起诉讼等。
四、建议与注意事项
明确协议性质：在签订自由职业者协议前，双方应明确协议的性质和目的，避免模糊或误导性的表述。若双方实际存在劳动关系，应签订劳动合同而非自由职业者协议。
保障社保权益：自由职业者应了解自己的社保权益，根据自身情况选择合适的社保参保方式。若被认定为劳动关系，应要求用人单位为其缴纳社保费用。
增强法律意识：自由职业者应增强法律意识，了解相关法律法规和政策规定，以便在签订协议和维权时能够做出明智的决策。
概括起来，自由职业者协议签订的影响是多方面的，既涉及劳动关系的认定，也关乎社保权益和法律责任。因此，在签订协议时，双方应谨慎对待，确保协议内容合法合规，充分保障自由职业者的合法权益。