结论前置：双方合同中约定由第三方付款，在法律上是允许的，但必须满足一定的条件，并在合同中明确约定相关条款。
法律背景与依据：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人可以约定由债务人向第三人履行债务，或者由第三人向债权人履行债务。这意味着，在合同中指定第三方作为付款方或收款方，是受到法律保护的合法行为。
- 具体来说，《民法典》第五百二十二条规定：“当事人约定由债务人向第三人履行债务，债务人未向第三人履行债务或者履行债务不符合约定的，应当向债权人承担违约责任。”同时，如果法律规定或当事人约定第三人可以直接请求债务人向其履行债务，且第三人未在合理期限内明确拒绝，那么当债务人未履行或履行不符合约定时，第三人也有权请求债务人承担违约责任。
合同中的关键要素：
- 明确约定：在合同中，应清晰、明确地写明由第三方付款的具体条款，包括第三方的身份信息、付款金额、付款时间、付款方式等。这有助于避免后续产生歧义或纠纷。
- 第三方意愿：虽然合同双方可以约定由第三方付款，但最好取得第三方对付款义务的认可。如果第三方拒绝履行付款义务，付款责任可能回归到合同约定的原付款方。
- 违约责任：合同中应明确约定，如果债务人（原付款方或指定的第三方）未按照约定履行付款义务，应当承担的违约责任。这有助于保障债权人的权益。
实践中的注意事项：
- 审查第三方资质：在约定第三方付款前，应对第三方的资质、信誉进行审查，确保交易的安全性和可靠性。特别是当第三方是陌生人或未经核实的情况下，应进行充分的调查和安全评估。
- 保留证据：在第三方付款过程中，各方应妥善保留相关证据，如付款凭证、通知记录等。这些证据在后续可能产生的纠纷中，将起到至关重要的作用。
- 风险防范：针对可能存在的风险，如第三方无法付款或付款后出现问题等，应在合同中约定相应的风险防范措施和违约责任。例如，可以约定如果第三方未能按时、足额付款，接收款项的一方有权依据合同向原付款方主张权利。
实例说明：
- 假设A公司与B公司签订了一份货物买卖合同，约定由C公司代替B公司向A公司支付货款。在这种情况下，A公司、B公司和C公司应在合同中明确约定C公司的付款义务、付款金额、付款时间等关键条款。同时，B公司应确保C公司同意并有能力履行该付款义务。如果C公司未能按照约定付款，A公司有权依据合同向B公司主张权利，要求B公司承担违约责任。
总结与建议：双方合同中约定由第三方付款是合法的，但必须在合同中明确约定相关条款，并确保合同的有效性、安全性和第三方的意愿。在实际操作中，应特别注意审查第三方的资质和信誉、保留相关证据以及约定风险防范措施和违约责任。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。