在给员工设定保底工资的情况下，员工请假时的工资计算方式需根据请假类型及公司规章制度综合判断，具体如下：

1. 法定带薪假（如年假、婚假、产假等）
   根据《企业职工带薪年休假实施办法》《人口与计划生育法》等规定，员工在法定带薪假期间，企业应按劳动合同约定的工资标准支付工资。若劳动合同约定了保底工资，则需按保底工资全额支付，不得扣减。例如：员工月保底工资8000元，休5天年假，当月工资仍应发放8000元。

2. 事假
   事假通常为无薪假，企业可按实际请假天数扣减工资。若劳动合同或规章制度明确约定“保底工资包含事假扣减规则”，则需按约定执行；若无约定，企业不得单方面以事假为由低于保底工资发放。例如：员工月保底工资8000元，月计薪日21.75天，请事假3天，若规章制度允许扣减，则当月工资=8000-（8000÷21.75×3）≈6908元；若无约定，则仍需发放8000元。

3. 病假
   根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，病假工资不得低于当地最低工资标准的80%。若保底工资高于该标准，企业可按保底工资比例支付（如按出勤天数折算）；若保底工资低于最低工资标准80%，则需按最低工资标准补足。例如：当地最低工资2000元，员工月保底工资2500元，请病假5天，月计薪日21.75天，则病假工资=2000×80%÷21.75×5≈367.8元，当月工资=2500-（2500÷21.75×正常出勤天数）+367.8（具体需结合出勤情况计算）。

4. 其他特殊假（如丧假、探亲假等）
   丧假、探亲假等通常为带薪假，企业应按保底工资全额支付；若地方性法规有特殊规定（如丧假天数、工资支付比例），则需从其规定。

操作建议：

• 企业应在劳动合同或规章制度中明确“保底工资的构成”（如是否包含绩效、奖金等）及“各类请假的工资扣减规则”，避免争议；
  
• 扣减工资时需确保不低于当地最低工资标准，且符合法定程序（如经民主程序制定、公示等）；
  
• 若员工对工资计算有异议，企业应提供详细的考勤及工资计算明细。
  

温馨提示：各地对请假工资的规定可能存在差异（如上海病假工资有特殊计算方式），建议结合当地政策进一步核对。如有具体案例或合同条款需要分析，可直接向我咨询。