税务局立案检查（稽查）的严重程度并非一概而论，它实际上取决于多个因素，包括实际税务问题的性质、情节的严重程度，以及企业在整个过程中的配合态度。以下是对这一问题的详细分析：
一、立案检查（稽查）的性质与目的
税务局立案检查（稽查）是税务机关对纳税人纳税情况进行全面、深入检查的一种重要措施。其目的在于核实纳税人是否存在违反税收法规的行为，确保税收的合法性和公平性。虽然这一过程带有一定的严肃性，但并不意味着企业一定存在严重违法问题。
二、不同情形下的后果
一般性税收核算问题：
- 如果企业是因为对税收政策理解偏差或疏忽导致的轻微税收核算失误，如小额计税错误，且能够积极配合调查，如实说明情况，并及时补缴税款和滞纳金，那么通常不会面临严重后果。税务机关可能会给予税务行政告诫或较轻处罚。
发票管理不规范：
- 对于发票开具、取得或使用方面存在的不规范行为，如果企业主观恶意不强，且能够积极整改，并在规定期限内完成整改，那么一般不会受到严厉惩处。
故意偷逃税行为：
- 如果企业通过伪造、变造、隐匿账簿等手段故意逃避缴纳税款，且达到一定金额或比例，那么将面临严重的法律后果。这包括补缴巨额税款、滞纳金，并可能面临高额罚款（0.5倍至5倍不等）。相关责任人还可能受到刑事处罚，依据《中华人民共和国刑法》的相关规定，逃避缴纳税款数额较大且占应纳税额百分之十以上的，可处三年以下有期徒刑或拘役，并处罚金；数额巨大且占应纳税额百分之三十以上的，可处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。
虚开发票等严重违法行为：
- 对于虚开增值税专用发票或用于骗取出口退税、抵扣税款的其他发票，或虚开普通发票且情节严重的行为，企业和相关责任人将面临极其严厉的法律制裁。这包括高额罚款及刑事处罚，最高可判处无期徒刑。
三、税务稽查流程
了解税务稽查的流程也有助于企业更好地应对。一般来说，税务稽查流程包括选案、立案、检查、调查取证、审理、处理、执行和结案等步骤。企业应积极配合税务机关的调查工作，提供真实、完整的财务资料，以便税务机关能够准确判断企业的纳税情况。
四、企业应对策略
- 确保资料真实：企业应提供真实的财务资料，避免虚假信息带来的严重后果。
- 规范税务操作：企业应合规经营，遵循税法规定，减少违规行为的发生。
- 及时沟通：遇到问题时，企业应主动与税务机关沟通，寻求解决方案，以减轻潜在处罚。
综上所述，税务局立案检查（稽查）的严重程度取决于多种因素。企业应积极面对稽查，确保资料真实，规范税务操作，并及时与税务机关沟通，以有效应对并减轻潜在风险。