工程居间协议合同在符合相关法律法规规定，且双方意思表示真实、内容合法有效的前提下，是受到法律保护的。以下是对这一问题的详细分析：

一、工程居间协议合同的合法性基础

根据《中华人民共和国民法典》第九百六十一条的规定，中介合同（包括居间合同）是中介人向委托人报告订立合同的机会或者提供订立合同的媒介服务，委托人支付报酬的合同。这一规定明确了工程居间协议合同的法律性质，为工程居间协议合同提供了法律基础。

二、工程居间协议合同受保护的条件

1. 主体适格：

   • 合同双方应具备相应的民事行为能力，能够独立承担民事责任。例如，发包方和承包方需为依法登记注册的企业法人，具备相关工程建设资质；居间人应为具有完全民事行为能力的自然人或合法登记的中介机构。

2. 意思表示真实：

   • 合同双方的意愿表达必须真实、自愿，无欺诈、胁迫、重大误解等情形。居间人应如实介绍工程信息，委托人在充分了解后自愿接受服务并签订合同。

3. 内容合法：

   • 工程居间协议合同的内容不得违反法律、行政法规的强制性规定，不得损害国家利益、社会公共利益及第三人合法权益。居间活动应遵守相关法律法规，不得涉及非法转包、分包等违法行为。

三、工程居间协议合同可能无效的情形

1. 违反法律法规强制性规定：

   • 若工程属于必须进行招标的项目，而居间人通过不正当手段干扰招标程序，如行贿招标人、泄露招标机密等，导致招标结果不公正，则该居间行为因违反《中华人民共和国招标投标法》等法律法规而被认定无效。

2. 恶意串通损害他人利益：

   • 如居间人与一方当事人恶意串通，故意抬高或压低工程造价，损害另一方当事人的合法权益，该居间合同同样会被认定无效。此行为违背了诚实信用原则，损害了市场公平竞争秩序。

3. 合同无法履行：

   • 若工程居间协议合同因客观原因（如工程项目取消、政策变化等）导致无法履行，且双方未能就变更或解除合同达成一致意见，该合同可能因无法实际履行而被视为无效或终止。

四、签订工程居间协议合同的注意事项

1. 仔细审查合同条款：

   • 确保内容真实、合法、有效，避免模糊不清或存在歧义的条款。

2. 确认对方主体的合法性及资质情况：

   • 避免与不具备相应资格的主体签订合同，以减少法律风险。

3. 明确居间服务的范围、期限、报酬支付方式等关键条款：

   • 确保双方权益得到保障，避免后续产生纠纷。

4. 保留好相关证据材料：

   • 如合同文本、沟通记录、支付凭证等，以便在发生纠纷时维护自身权益。

总结来说，工程居间协议合同在符合法律规定且双方意思表示真实的前提下是受法律保护的。然而，为确保合同的合法有效性和双方权益的最大化保护，建议在签订前充分了解相关法律法规并谨慎审查合同条款。如果您在工程居间协议合同方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。