在履约保证金与违约金并存的情况下，处理方式主要取决于合同的具体约定以及相关法律法规的规定，以下从不同角度进行分析：
合同有明确约定时：
- 如果合同中明确规定了履约保证金和违约金的性质、数额以及它们之间的关系（例如，是否可以同时主张、是否相互抵扣等），那么应当首先遵循合同的约定。这是基于合同自由原则，即当事人有权在合同中自由约定各自的权利和义务。
- 示例：合同中约定，若乙方违约，甲方有权没收履约保证金，并同时要求乙方支付合同总价款一定比例的违约金。在此情况下，甲方可以同时主张没收履约保证金和要求支付违约金。
合同无明确约定或约定不明时：
- 当合同中没有明确规定履约保证金和违约金的关系时，需要依据相关法律法规以及司法实践来处理。一般来说，履约保证金和违约金在性质上有所不同：履约保证金主要是为了保证合同的履行，而违约金则是对违约行为的一种经济制裁。
- 法律原则：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。同时，如果履约保证金和违约金都是针对同一违约行为而设定的，且两者之和可能过分高于违约造成的损失，那么法院或仲裁机构可能会根据公平原则和诚实信用原则，对两者进行适当的调整或限制。
- 司法实践：在司法实践中，法院或仲裁机构通常会考虑违约金的惩罚性和补偿性功能，以及履约保证金的担保功能，来综合判断是否可以同时主张两者，以及主张的数额是否合理。如果两者之和过高，可能会被认为是对违约方的过度惩罚，从而进行适当的调减。
实际操作建议：
- 审查合同：在签订合同时，应仔细审查合同中关于履约保证金和违约金的条款，确保条款明确、合理，并符合法律法规的规定。
- 协商解决：在发生违约情况时，双方应首先尝试通过协商来解决争议，包括履约保证金和违约金的支付问题。协商解决可以节省时间和成本，并维护双方的商业关系。
- 寻求法律救济：如果协商无果，受损方可以依据合同约定和相关法律法规，向法院或仲裁机构提起诉讼或申请仲裁，要求违约方支付履约保证金和/或违约金。
总结来说，履约保证金与违约金并存时的处理方式主要取决于合同的约定以及相关法律法规的规定。在处理此类争议时，应首先审查合同条款，然后尝试通过协商解决争议；如果协商无果，可以寻求法律救济。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。