结论前置：员工在职期间完全有权申请劳动仲裁，这是法律赋予劳动者的合法权益，旨在保障劳动者在劳动关系中的各项权益不受侵害。
一、法律依据与适用范围
根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二条的规定，该法适用于中华人民共和国境内的用人单位与劳动者之间因确认劳动关系、订立、履行、变更、解除和终止劳动合同、劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金等发生的多种劳动争议。这意味着，员工在职期间，若与用人单位存在上述任何一种争议，均有权依法向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
二、常见申请劳动仲裁的情形
在职员工申请劳动仲裁的常见情形包括但不限于：
薪酬福利纠纷：如用人单位未按时足额支付工资、加班费、奖金等劳动报酬，或者未依法为劳动者缴纳社会保险费用，如养老保险、医疗保险等。
工作时间和休息休假纠纷：如用人单位安排加班但未支付加班工资，或者不批准劳动者依法应享受的年假、病假等假期。
劳动合同纠纷：如用人单位未经协商擅自调整工作岗位、降低工资待遇，或者违法解除劳动合同等。
三、申请劳动仲裁的流程与注意事项
提交仲裁申请书：劳动者需向劳动合同履行地或用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会提交书面仲裁申请，并附上相应副本。申请书应详细载明劳动者和用人单位的基本信息、仲裁请求、事实理由、证据及来源等。
准备相关证据材料：包括劳动合同、工资支付记录、工作证、考勤记录等，以证明劳动关系及争议事实。证据材料应真实、合法、有效，能够支持劳动者的仲裁请求。
受理与审查：仲裁委员会在收到申请后五日内进行审查，符合受理条件的将予以受理，并通知申请人；不符合条件的，将书面通知不予受理并说明理由。
开庭审理：仲裁庭将在开庭前五日通知双方当事人开庭日期和地点。劳动者应按时出庭，积极参与庭审活动，陈述事实、提供证据、进行辩论等。
调解与裁决：仲裁庭在作出裁决前会尝试进行调解。若调解成功，将制作调解书；若调解不成或调解书送达前一方反悔，仲裁庭将及时作出公正裁决。劳动者对裁决结果不服的，可以在规定期限内向人民法院提起诉讼。
四、建议与提醒
权衡利弊：虽然在职员工有权申请劳动仲裁，但在决定申请之前，应综合考虑各种因素，如与用人单位的关系紧张可能带来的后果等。如果争议可以通过协商、调解等方式解决，建议优先选择这些方式。
准备充分：在申请劳动仲裁前，劳动者应充分准备相关证据材料，确保自己的仲裁请求有充分的事实和法律依据。同时，也可以咨询专业律师的意见，了解自己的权利和义务以及仲裁程序的相关规定。
遵守法律程序：在申请劳动仲裁过程中，劳动者应遵守法律程序的规定，按时提交申请书、参加庭审活动等。如果因故不能按时参加庭审活动，应及时向仲裁庭申请延期开庭或委托他人代为参加庭审。
作为孙滔律师，我建议在职员工在面对劳动争议时，应充分了解自己的权利和法律程序，合理运用劳动仲裁这一法律武器来维护自身合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。