病假通常不会直接扣年假，但具体情况需根据公司的规章制度以及相关法律法规来综合判断。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
法律法规层面：
- 根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》以及《职工带薪年休假条例》等相关法律法规，职工因患病或非因工负伤需要停止工作医疗时，根据本人实际参加工作年限和在本单位工作年限，给予三个月到二十四个月的医疗期。在医疗期内，职工依法享受病假待遇，用人单位不得因此解除劳动合同，且应按照规定支付病假工资或疾病救济费。
- 同时，职工在连续工作满一定年限后，有权享受带薪年休假。年休假是职工依法应享有的休息权利，与病假是两种不同的休假类型，各自有独立的适用条件和规定。
公司规章制度层面：
- 虽然法律法规没有明确规定病假必须扣年假，但一些公司可能会在其规章制度中设定相关条款，如“病假超过一定天数后，将不再享受当年的年假”或“病假与年假不能同时享受”等。这些条款如果合法且经过民主程序制定，并已告知职工，那么职工在享受病假时可能会受到一定影响。
- 然而，如果公司的规章制度违反了法律法规的强制性规定，或者未经民主程序制定、未告知职工，那么这些条款可能是无效的，职工有权依法享受病假和年假。
实际操作建议：
- 对于职工而言，在享受病假前，应仔细阅读公司的规章制度，了解病假和年假的相关规定。如果对规定有疑问或认为规定不合法，可以向公司的人力资源部门或工会咨询或提出异议。
- 如果公司确实存在违法扣除年假的情况，职工可以依法向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
举例说明：
假设某职工在公司工作满5年，根据规定应享受5天的带薪年休假。该职工因患病需要停止工作医疗，并依法享受了3个月的病假。在病假期间，公司是否可以扣除该职工的年假呢？这取决于公司的规章制度。如果公司的规章制度中没有相关规定，或者规定不合法，那么公司不得扣除该职工的年假。如果公司的规章制度中有相关规定，且该规定合法并已告知职工，那么该职工在享受病假后可能会受到一定影响，具体需根据规定来判断。
总结与建议：
病假与年假是两种不同的休假类型，各自有独立的适用条件和规定。在享受病假时，职工应仔细阅读公司的规章制度，了解相关规定，并依法维护自己的合法权益。如果对公司规章制度有疑问或认为规定不合法，可以向公司的人力资源部门或工会咨询或提出异议；如果公司存在违法扣除年假的情况，可以依法向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。