综合工时制下，劳动者在一个年度内总工作时间不得超过2000小时。这是根据我国相关法律法规对综合计算工时工作制的规定得出的结论。以下是对这一问题的详细分析：
一、综合工时制的定义与适用范围
综合工时制，即综合计算工时工作制，是指用人单位因工作情况特殊或受季节和自然条件限制，需安排劳动者连续作业，无法实行标准工时制度时，采用以周、月、季、年等为周期综合计算工作时间的一种工时制度。它主要适用于交通、铁路、邮电、水运、航空、渔业等行业中因工作性质特殊，需连续作业的职工，以及地质及资源勘探、建筑、制盐、制糖、旅游等受季节和自然条件限制的行业的部分职工。
二、综合工时制下工作时间的计算与限制
在综合工时制下，劳动者在一个周期内（如周、月、季、年）的总工作时间不得超过法定标准工作时间。具体来说：
年度总工作时间限制：根据《劳动法》及相关规定，劳动者在一个年度内（通常指12个月）的总工作时间不得超过2000小时。这是综合工时制下对劳动者工作时间的最基本限制，旨在保障劳动者的休息权和健康权。
周期内平均工作时间：虽然综合工时制允许在周期内灵活安排工作时间，但平均每日和每周的工作时间仍应与法定标准工作时间基本相同。即平均每日工作时间不超过8小时，平均每周工作时间不超过40小时。如果在一个周期内（如一个月）的总工作时间超过了法定标准，那么超出部分应视为加班，用人单位需按照相关规定支付加班费。
三、综合工时制下的加班与调休
在综合工时制下，如果劳动者在一个周期内的总工作时间超过了法定标准，那么超出部分应视为加班。对于加班时间，用人单位应按照以下规定支付加班费或安排调休：
工作日加班：如果加班发生在工作日，用人单位应按照不低于劳动者本人小时工资标准的150%支付加班费。
休息日加班：如果加班发生在休息日且不能安排调休的，用人单位应按照不低于劳动者本人日或小时工资标准的200%支付加班费。但需要注意的是，在综合工时制下，休息日加班并不一定都意味着要支付双倍工资，因为综合工时制已经考虑了周期内工作时间的灵活性。如果用人单位能够在后续周期内安排调休以弥补休息日的加班时间，那么可能不需要支付双倍工资。
法定节假日加班：无论是否实行综合工时制，劳动者在法定节假日加班的，用人单位都应按照不低于劳动者本人日或小时工资标准的300%支付加班费，且不得以调休替代。
四、建议与注意事项
了解自身权益：作为劳动者，应了解综合工时制的相关规定和自身权益，确保用人单位没有违反相关法律法规。
保留证据：如果用人单位存在违反综合工时制规定的行为，如超时加班、不支付加班费等，劳动者应保留相关证据（如考勤记录、工资单等）以便维权。
及时咨询：如果对综合工时制有任何疑问或遇到相关问题，建议及时向我咨询，以便获得更专业的法律帮助。
综上所述，综合工时制下劳动者在一个年度内总工作时间不得超过2000小时。用人单位应严格遵守相关规定，保障劳动者的休息权和健康权。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。