证券公司操纵客户股票账户，主要违反了以下条例：

1. 《中华人民共和国证券法》：该法明确规定，禁止任何单位和个人操纵证券市场，包括通过单独或者合谋的方式，集中资金优势、持股优势或者利用信息优势联合或者连续买卖，操纵证券交易价格或者证券交易量等行为。证券公司若操纵客户股票账户，无疑将触犯此法律。

2. 《证券公司监督管理条例》：此条例对证券公司的行为进行了详细规范，要求证券公司必须遵守法律、行政法规，遵循诚实信用、勤勉尽责的原则，不得损害客户的合法权益。操纵客户股票账户显然违背了这一原则，也违反了该条例的相关规定。

3. 《证券期货经营机构私募资产管理业务管理办法》：对于证券公司开展的私募资产管理业务，该办法也有明确规定，要求证券公司必须恪守客户利益至上原则，履行诚实信用、谨慎勤勉的义务，不得操纵市场等行为。若证券公司操纵客户股票账户，也将违反此管理办法。

综上所述，证券公司操纵客户股票账户将违反多部法律法规，不仅损害客户的合法权益，也将对证券市场的公平、公正和透明造成严重影响。如有此类问题发生，建议立即向监管部门举报，并寻求法律途径维护自身权益。