结论：借条上盖有公章，公司并不一定就承担还款责任，这取决于多种因素，包括借款的实际用途、公司是否知情并同意、公章的使用是否合法合规等。以下是对这一问题的详细分析：
一、公司承担还款责任的一般情况
公章的法律效力：
- 公章是公司对外进行活动、表达意思的重要象征。当借条上盖有公章时，这通常表明借款行为是以公司名义作出的，所借款项也往往用于公司的生产经营、日常运作等事务。
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，加盖公章意味着公司对借款事项的确认，合同在公司与出借人之间成立并生效，公司应按约定履行还款义务。
公司作为债务主体的法律地位：
- 根据《中华人民共和国公司法》第三条，公司是企业法人，有独立的法人财产，享有法人财产权。公司以其全部财产对公司的债务承担责任。
- 这意味着，如果借款行为是以公司名义进行，且款项用于公司事务，那么公司应当承担还款责任。
二、公司不承担还款责任的特殊情况
借款实际为个人行为：
- 如果公司能证明借款未进入公司账户，且完全用于个人目的，如个人消费、投资等，那么公司可能不承担还款责任。
- 但这种情况下，公司需要承担较重的举证责任，以推翻基于公章所产生的借款认定。
公章被盗用或冒用：
- 若借条上的公章是被盗用或冒用的，且公司能够证明这一点，如通过公章使用记录、报警记录等，那么公司可能不承担偿还责任。
- 公司需及时采取措施，如向公安机关报案，并配合调查取证工作，以证明公章的被盗用或冒用。
借款打入个人账户且未用于公司事务：
- 如果借款打入了公司法定代表人的个人账户，且无法证明该借款完全用于公司经营，那么公司法定代表人可能需要与公司共同承担偿还责任。
- 这取决于具体事实和证据，如转账记录、借款用途说明等。
三、法律建议与风险防范
完善内部管理制度：
- 公司应建立严格的公章使用审批流程，确保公章使用的合规性，防止公章被滥用。
- 定期对公章使用情况进行审计和检查，及时发现并纠正问题。
加强员工培训与法律意识：
- 提高员工的法律意识和风险意识，避免员工利用职务之便进行个人借款等违规行为。
- 定期组织法律培训，让员工了解相关法律法规和公司内部规定。
及时采取法律措施：
- 一旦发现公章被盗用或滥用的情况，公司应立即向公安机关报案，并配合调查取证工作。
- 考虑向法院提起诉讼，要求确认借款行为无效或追究相关责任人的法律责任。
举例说明：假设某公司员工以公司名义向他人借款，并在借条上加盖了公司公章。但借款实际用于该员工的个人投资项目，且公司对此并不知情。在这种情况下，如果公司能够提供充分证据证明借款未用于公司事务且公司不知情，那么公司可能不承担还款责任。但如果公司无法提供充分证据，或者借款行为被认定为表见代理（即出借人有理由相信该行为代表公司），那么公司仍可能需承担还款责任。
后续行动建议：如果您面临类似情况，建议立即收集相关证据，如借条、转账记录、公司内部规定等，并咨询专业律师进行详细分析。根据具体情况，律师可以为您提供更具体的法律建议和解决方案。