您好，关于“办理公司数字证书是否违法”的问题，这主要取决于办理过程是否遵循了相关的法律法规以及行业规范。

首先，需要明确的是，办理公司数字证书本身并不违法。数字证书是用于在网络环境中确认身份、加密通信和保障数据安全的一种重要工具，许多企业和组织都会根据业务需求办理数字证书。

然而，关键在于办理数字证书的过程必须合法合规。根据工业和信息化部等权威机构发布的法律法规，如《中华人民共和国电子签名法》和《电子认证服务管理办法》等，电子认证服务机构在提供数字证书服务时，必须遵守一系列严格的规定，包括但不限于：

1. 对申请人进行身份查验：确保申请人的真实身份，防止身份冒用和欺诈行为。
2. 审查有关材料：对申请人提交的相关材料进行仔细审查，确保其真实性和合法性。
3. 充分告知和签订合同：在受理证书申请前，应向申请人充分告知相关事项，并与申请人直接签订合同，明确双方的权利和义务。
4. 使用符合标准的技术和设备：电子认证服务机构应使用符合国家安全标准的技术和设备，以及取得国家密码管理机构同意使用密码的证明文件的电子认证服务系统。

如果电子认证服务机构在办理数字证书的过程中违反了上述规定，就可能构成违法违规行为，并会受到相关部门的查处。例如，工业和信息化部就曾依法查处过沃通电子认证服务有限公司的违法违规行为，该公司因未遵守相关规定而受到了责令改正的处罚。

因此，只要办理公司数字证书的过程合法合规，遵循了相关的法律法规和行业规范，就是合法的。为了确保办理过程的合法性和安全性，建议您选择具有合法资质和良好信誉的电子认证服务机构进行办理，并在办理过程中仔细阅读并理解相关合同和条款，确保自己的权益得到保障。