收到虚假发票并已入账，公司可能会面临多方面的处罚和风险，以下我将从税务风险、刑事风险、财务风险三个维度为您详细解析，并提供相应的应对措施。

一、法律风险分析

1. 税务风险：

   • 根据《中华人民共和国发票管理办法》，若公司知道或应当知道是虚假发票而受让、开具等，将面临1万元至50万元的罚款，同时违法所得将被没收。
   • 虚增的成本费用不得在企业所得税前扣除，这可能导致公司需要补缴税款、滞纳金，并可能面临额外的罚款。
   • 依据《中华人民共和国税收征收管理法》第六十四条，编造虚假计税依据的，税务机关将责令限期改正，并处以罚款。

2. 刑事风险：

   • 若公司故意接受虚假发票，且虚开金额达到法定标准，可能构成虚开增值税专用发票罪或虚开发票罪。
   • 根据《中华人民共和国刑法》第二百零五条，这可能导致公司相关责任人员面临三年以上十年以下有期徒刑，并处5万元以上50万元以下罚金。

3. 财务风险：

   • 虚假发票入账会扭曲财务数据，影响财务报表的真实性和准确性。
   • 这可能误导投资者、债权人等利益相关者，损害公司声誉和市场形象，进而影响公司的融资能力和业务发展。

二、应对措施

1. 立即停止使用并封存/删除发票：

   • 一旦发现发票为虚假，公司应立即停止使用该发票进行任何财务核算或报销。
   • 将虚假发票封存或从系统中删除，作为后续证据，以备税务机关检查。

2. 调整账务处理与退款：

   • 按照税务机关要求，调整涉及虚假发票的账务，冲减虚增的成本费用。
   • 补缴因虚假发票而少缴的税款和滞纳金。
   • 如已用于报销或其他费用支付，需与员工或供应商协商退款，并用合规发票替换。

3. 内部调查与处理涉事人员：

   • 组织内部审计小组，全面调查虚假发票的来源、入账过程及涉及人员。
   • 根据调查结果，对责任人采取纪律处分或法律追究措施，以儆效尤。

4. 向税务局报告：

   • 主动向税务机关报告发现的虚假发票问题，积极配合调查。
   • 提供相关证据和资料，以减轻公司的法律责任。

5. 积极寻找补救措施：

   • 与开票方沟通，要求其补开或换开合规发票。
   • 若无法补开，应收集相关证明材料以证实支出的真实性，并争取税前扣除。

6. 加强内部控制与发票管理：

   • 建立健全的发票管理制度，确保发票的真实性和合法性。
   • 定期审核和检查发票，加强对员工的培训和教育，提高法律意识和风险防范意识。

三、总结与建议

收到虚假发票并已入账是一个严重的财务和税务合规问题。公司应立即采取行动，包括停止使用虚假发票、调整账务处理、内部调查、向税务局报告、寻找补救措施以及加强内部控制与发票管理。同时，公司应了解相关的法律责任，以便在必要时采取适当的应对措施。建议公司加强与税务机关的沟通，及时了解税收政策的变化，确保财务和税务的合规性，以维护公司的长期稳定发展。