结论前置：当公司法人并非实际经营者，且公司出现问题时，法人应积极采取措施证明自身未参与实际经营，同时配合法律程序，合理分担举证责任，并寻求专业帮助以收集证据。此外，加强公司治理和内部控制是预防类似问题的关键。以下从多个角度详细分析：
一、法人的法律责任及应对措施
民事责任
- 风险：作为公司法人，即使并非实际经营者，在无法证明自己无过错的情况下，也可能因公司债务被牵连，甚至需要先承担责任。
- 应对：
- 积极收集间接证据，如工作证明、与实际经营者的聊天记录、会议纪要等，以证明自己未参与公司的实际经营管理。
- 向法院申请调查令，调查公司的实际经营情况，包括财务报表、业务合同、资金流向等，以证明自己未参与关键事务的决策和执行。
行政责任
- 风险：如果公司存在违法违规经营行为，法人可能面临行政处罚。
- 应对：
- 主动配合行政部门的调查，如实陈述自己未参与公司经营的情况。
- 提供公司内部组织架构、职责分工等材料，说明自己的名义角色和实际经营者的主导地位，以减轻或免除行政责任。
刑事责任
- 风险：在公司涉及重大犯罪的情况下，法人可能被追究刑事责任。
- 应对：
- 立即聘请经验丰富的刑事辩护律师，分析案件情况，寻找无罪或罪轻的辩护点。
- 积极配合律师的工作，提供有助于证明自己未参与犯罪的线索和证据，保持良好态度，如实陈述情况。
二、确定实际经营者责任的方法
内部调查
- 与公司员工沟通，了解公司的实际运营情况和实际经营者的相关信息。
- 通过财务人员了解资金的实际控制人和使用情况，通过销售人员了解业务订单的实际洽谈和决策人员。
追溯资金流向
- 分析公司的资金流向，特别是那些经常流向特定个人账户的资金，以锁定实际经营者。
- 向银行申请查询公司账户的交易明细，获取资金流向信息，为追究实际经营者的责任提供证据。
关联交易排查
- 排查公司的关联交易，查看是否存在与实际经营者相关的利益输送行为。
- 通过对关联交易的调查，进一步锁定实际经营者，并为追究其责任提供有力的证据支持。
三、证据收集与司法程序处理
证据收集途径
- 审查公司的文件和记录，如合同、账簿、电子邮件等，寻找与实际经营者相关的线索。
- 与公司员工、合作伙伴或供应商沟通，获取他们的证词或线索。
- 聘请专业机构进行独立调查，如会计师事务所、律师事务所等，以获取更专业、更全面的证据。
- 利用法律手段获取证据，如申请法院调查令、传票等，以强制获取相关证据。
司法程序中的处理
- 在司法程序中，合理分配举证责任，要求对方当事人承担一定的举证责任，以减轻自己的举证负担。
- 在涉及签字、印章使用等问题时，及时申请笔迹鉴定、印章鉴定等，以证明自己的清白。
四、预防与治理建议
- 定期审计与风险评估：定期对公司进行审计和风险评估，及时发现并解决潜在的问题，防止问题扩大化。
- 建立有效沟通机制：建立有效的信息传递和沟通机制，确保管理层及时了解公司的运营状况和风险点，以便及时采取措施应对。
- 加强员工培训与教育：加强员工的法律意识和风险意识培训，提高他们对公司运营中可能遇到的法律问题的认识和应对能力。
- 完善公司治理与内部控制：加强公司的治理和内部控制机制建设，明确各层级的职责和权限，防止类似情况再次发生。
总结与建议：在处理公司法人非实际经营者且公司出现问题的情况时，法人应保持冷静和理性，积极采取措施证明自身清白，并配合法律程序。同时，加强公司治理和内部控制是预防类似问题的有效手段。如果遇到复杂的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我将根据你的具体情况提供专业的法律建议。