若申请司法确认过程中对方不配合，您可以采取以下措施来应对：
理解司法确认的性质与对方不配合的影响：
- 司法确认是双方当事人在调解组织主持下达成的调解协议，经人民法院依法审查确认其效力后，即具有强制执行力的一种程序。若对方不配合，可能导致司法确认程序无法顺利进行，进而影响调解协议的强制执行力。
尝试沟通与协商：
- 在采取法律手段之前，首先可以尝试与对方进行沟通，了解其不配合的原因，并寻求协商解决方案。通过友好沟通，有时可以化解矛盾，促使对方配合完成司法确认程序。
向人民法院申请强制执行（在特定条件下）：
- 若调解协议已经生效且具有可执行内容：虽然对方不配合司法确认程序本身，但如果调解协议已经双方签字确认且具有明确的可执行内容（如支付款项、交付财物等），在对方不履行调解协议的情况下，您可以直接向有管辖权的人民法院申请强制执行，而无需必须经过司法确认程序。此时，您需要准备调解协议、对方不履行的证据等材料。
- 若调解协议需经司法确认才具强制执行力：在某些情况下，调解协议可能需要经过司法确认程序才具有强制执行力。若对方不配合完成该程序，您可能需要先通过法律途径（如起诉）确认调解协议的效力，然后再申请强制执行。不过，这通常不是最优选择，因为会增加诉讼成本和时间。
寻求法律援助或咨询专业律师：
- 如果对方不配合且您无法自行解决，建议寻求法律援助或咨询专业律师。律师可以根据具体情况为您提供法律建议，帮助您制定合适的策略来应对对方的不配合行为，包括但不限于发送律师函、提起诉讼等。
考虑其他纠纷解决方式：
- 如果司法确认程序因对方不配合而无法进行，您还可以考虑其他纠纷解决方式，如仲裁、诉讼等。这些方式虽然可能耗时更长、成本更高，但在某些情况下可能是更有效的解决途径。
行动建议：
- 首先尝试与对方沟通，了解其不配合的原因，并寻求协商解决方案。
- 如果沟通无果，且调解协议具有可执行内容，直接向人民法院申请强制执行。
- 如果调解协议需经司法确认才具强制执行力，且对方不配合，考虑寻求法律援助或咨询专业律师，了解后续法律途径。
- 在整个过程中，保留好所有相关证据，如调解协议、沟通记录等，以备不时之需。
法律后果提示：
- 若对方不履行具有强制执行力的调解协议或法院判决，可能会面临被强制执行、列入失信被执行人名单等法律后果。
- 若您采取不当手段应对对方的不配合行为，也可能面临法律责任。因此，建议始终在法律框架内行事。
如有进一步疑问或需要具体法律帮助，请直接向我咨询。