结论：开发商逾期办证超过三年，是否超过诉讼时效不能一概而论，需结合具体情况判断。以下从不同角度为您详细分析：
一、一般诉讼时效规定
根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年，自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。对于开发商逾期办理房产证的情况，这一规定同样适用。即从购房者知晓或应知开发商未按时办理房产证，且自身权益受损之日起，三年内应提起诉讼。
二、起算时间的具体情形
- 合同有约定办理期限：
- 若购房合同中明确规定了开发商办理房产证的具体时间（如房屋交付后360日内），则该期限届满之日即为诉讼时效的起算点。例如，合同约定交房后180日内办理房产证，若到期未办理，则从第181日起算诉讼时效。若此时已超过三年，且没有诉讼时效中断、中止的情形，那么可能超过诉讼时效。
- 合同无约定办理期限：
- 依据相关司法解释，开发商应在房屋交付使用之日起90日内提交办理房屋权属登记所需资料。若开发商未履行此义务，导致购房者无法及时取得房产证，则90日期满之日视为诉讼时效的起算点。同样，若从该起算点起算超过三年，且无特殊情况，可能超过诉讼时效。
三、诉讼时效的中断与中止
- 中断：
- 在诉讼时效期间内，若购房者通过书面催告、投诉、信访等方式向开发商主张权利，或向有关部门反映问题，可构成诉讼时效的中断。每次中断后，诉讼时效期间均重新计算。例如，购房者在逾期办证后的第二年向开发商发出了书面催告函，要求其尽快办理房产证，那么诉讼时效从发出催告函之日起重新计算三年。所以，即使之前已经过了一段时间，但因中断而重新起算，可能并未超过诉讼时效。
- 中止：
- 在诉讼时效期间的最后六个月内，若因不可抗力（如自然灾害）或其他客观障碍导致购房者无法行使请求权，诉讼时效将中止。待障碍消除后，继续计算剩余的诉讼时效期间，但最长不超过六个月。比如，在诉讼时效期间的最后三个月内，购房者因突发重大疾病住院治疗，无法向开发商主张权利，此时诉讼时效中止，待其康复出院后，继续计算剩余的诉讼时效。
四、特殊情况的考量
- 新协议或承诺：购房者与开发商就逾期办证问题达成的新协议，或开发商的后续承诺，可能影响诉讼时效的计算。这些新情况可能构成对原诉讼时效的修改或延长。例如，开发商在逾期办证后与购房者协商，承诺在一定的时间内办理好房产证，并给予一定的补偿，那么诉讼时效可能从开发商承诺的期限届满之日起重新计算。
- 证据保留：购房者在诉讼时效期间内向开发商主张权利的证据（如书面催告函、邮件记录、聊天记录等）至关重要，它们不仅是诉讼时效中断的证明，也是维护自身权益的关键依据。若购房者无法提供相关证据证明自己在诉讼时效期间内主张过权利，而开发商又提出诉讼时效抗辩，那么购房者可能面临败诉的风险。
五、最长诉讼时效
自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护。即使购房者一直未发现权利被侵害，但从开发商实际应当办理房产证却未办理之日起算，超过二十年再主张权利，法院通常不会支持。不过，这一最长诉讼时效一般较少适用，在大多数开发商逾期办证的纠纷中，主要考虑的还是三年的普通诉讼时效以及其中断、中止等情形。
建议：如果您发现开发商逾期办证，首先要梳理相关证据，确定诉讼时效的起算点以及是否存在中断、中止的情形。同时，及时与开发商进行沟通协商，要求其尽快办理房产证并承担相应的违约责任。若协商无果，建议您尽快向我咨询，以便在诉讼时效内通过法律途径维护自己的合法权益。