针对您提出的“三次废标后怎么处理”的问题，这确实是一个涉及政府采购流程中较为复杂且关键的情况。以下是我根据相关法律法规及实践操作，为您提供的详细解答：
一、废标后的基本处理原则
根据《中华人民共和国政府采购法》及相关规定，废标后，除采购任务取消的情形外，采购人应当重新组织招标。若因特殊原因需要采取其他方式采购的，必须在采购活动开始前获得设区的市、自治州以上人民政府采购监督管理部门或政府有关部门的批准。
二、三次废标后的具体处理步骤
分析废标原因：
- 每次废标后，采购人都应详细分析废标原因，包括但不限于供应商不足三家、供应商串通投标、采购需求存在重大瑕疵、代理机构程序违法等。
- 针对不同原因，采购人需要采取不同的应对措施，以避免再次废标。
调整采购策略：
- 如果废标是由于供应商资格条件过于苛刻或采购标准过高导致的，采购人应适当调整这些条件，以吸引更多符合要求的供应商参与投标。
- 如果废标是由于信息披露不充分造成的，采购人应加强信息披露工作，确保所有潜在供应商都能充分了解采购需求。
重新组织招标：
- 在分析废标原因并调整采购策略后，采购人应重新制定招标文件，并按照规定的程序重新组织招标。
- 重新招标时，采购人应确保招标文件的合法性和合规性，避免再次出现废标情况。
考虑其他采购方式：
- 如果经过多次招标仍无法成功确定采购对象，且招标方式确实不适宜，采购人可以考虑采取其他采购方式，如竞争性谈判、单一来源采购等。
- 但采取其他采购方式前，必须获得设区的市、自治州以上人民政府采购监督管理部门或政府有关部门的批准。
三、关于代理费用的处理
在三次废标的过程中，代理费用的处理也是一个重要问题。根据相关规定：
- 如果委托代理协议或采购文件中已明确约定废标情形下代理费用的处理方式，无论约定由采购人支付还是由供应商承担，均应严格遵照执行。
- 如果未明确约定，则应结合项目的废标原因进行归责分析。例如，因代理机构自身过错导致项目废标的，代理机构无权收取代理费用；因非代理机构原因导致项目废标的，各方应本着公平原则协商补偿方案。
四、注意事项
- 采购人在处理废标情况时，应确保所有操作都符合法律法规的规定，避免引发法律纠纷。
- 采购人应加强与供应商、代理机构的沟通与协调，共同分析废标原因，寻求解决方案。
- 采购人应完整保留服务过程记录，包括采购文件编制、组织评审、质疑答复等工作痕迹，以备后续审计和查询。
综上所述，三次废标后，采购人应详细分析废标原因，调整采购策略，重新组织招标或考虑其他采购方式，并妥善处理代理费用问题。希望这些解答能对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。