检察院不起诉的案件，一般情况下不会留案底，但存在例外情况。以下是对此问题的详细分析：
一、不起诉决定的一般法律后果
根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，检察院作出不起诉决定，意味着案件在刑事诉讼程序中终止，被不起诉人不会被判处刑罚。在大多数情况下，不起诉决定不会留下案底，因为案底通常指的是犯罪记录，即经过法院判决有罪后留下的记录。
二、不起诉决定的类型及影响
法定不起诉：
- 情形：包括犯罪嫌疑人没有犯罪事实、情节显著轻微不构成犯罪、犯罪已过追诉时效期限、经特赦令免除刑罚、告诉才处理的犯罪没有告诉或撤回告诉、犯罪嫌疑人死亡等。
- 影响：法定不起诉决定作出后，案件即告终结，不会留下案底。
酌定不起诉：
- 情形：犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或免除刑罚的。
- 影响：酌定不起诉决定作出后，虽然案件在刑事诉讼程序中终止，但被不起诉人仍可能因犯罪情节轻微而受到一定的行政处罚或纪律处分，不过这并不构成犯罪记录，即不会留下案底。但需注意，如果被不起诉人之前有犯罪记录，此次不起诉决定不会消除之前的记录。
存疑不起诉：
- 情形：证据不足，不能证明犯罪嫌疑人构成犯罪或需要追究刑事责任的。
- 影响：存疑不起诉决定作出后，如果后续发现新的证据，可以重新提起公诉。在存疑不起诉阶段，由于尚未确定犯罪嫌疑人有罪，因此不会留下案底。但如果后续重新提起公诉并经法院判决有罪，则会留下案底。
三、不起诉决定的例外情况
虽然不起诉决定在大多数情况下不会留下案底，但存在以下例外情况：
被不起诉人之前有犯罪记录：
- 如果被不起诉人之前已有犯罪记录，此次不起诉决定不会消除之前的记录。因此，在特定情况下（如求职、出国等需要开具无犯罪记录证明时），之前的犯罪记录仍可能产生影响。
不起诉决定被撤销或重新提起公诉：
- 如果不起诉决定被撤销或后续发现新的证据重新提起公诉，并经法院判决有罪，则会留下案底。
特定行业或职位的特殊要求：
- 某些行业或职位（如公务员、律师、教师等）可能对个人的犯罪记录有特殊要求。即使被不起诉人未留下犯罪记录，但相关行业或职位的招聘单位或监管机构可能仍会对其之前的涉案情况进行审查，并据此作出是否录用的决定。
四、法律建议
了解不起诉决定的具体类型：
- 被不起诉人应了解检察院作出的不起诉决定的具体类型（法定不起诉、酌定不起诉或存疑不起诉），以便更好地评估其法律后果。
咨询专业律师：
- 如果被不起诉人对不起诉决定的法律后果存在疑问或担忧，建议咨询专业律师以获取更详细的法律解释和建议。不过，在此我已明确告知你相关法律后果，如有进一步疑问，可直接向我咨询。
注意保护个人隐私：
- 在处理与不起诉决定相关的法律事务时，被不起诉人应注意保护个人隐私，避免不必要的泄露和传播。
综上所述，检察院不起诉的案件在大多数情况下不会留下案底，但存在例外情况。被不起诉人应了解不起诉决定的具体类型及其法律后果，并在必要时咨询专业律师以获取更详细的法律解释和建议。