检察院不予起诉的案件是否会有案底，这主要取决于具体的不起诉类型及案件情况。以下是对此问题的详细分析：

1. 法定不起诉：

   • 情形：根据《刑事诉讼法》的相关规定，若案件存在情节显著轻微、危害不大不认为是犯罪、已过追诉时效期限、经特赦令免除刑罚、依照刑法告诉才处理的犯罪没有告诉或撤回告诉、犯罪嫌疑人或被告人死亡，以及其他法律规定免予追究刑事责任等情形，人民检察院应当作出不起诉决定。
   • 是否有案底：在此类情形下，由于犯罪嫌疑人的行为不构成犯罪或依法不应追究刑事责任，因此不会留下案底。法定不起诉本质上否定了犯罪的成立，故无犯罪记录产生。

2. 酌定不起诉：

   • 情形：当犯罪嫌疑人的犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或免除刑罚时，人民检察院可以作出不起诉决定。这通常适用于犯罪情节较轻微的初犯、偶犯，或有自首、立功等情节的犯罪嫌疑人。
   • 是否有案底：虽然酌定不起诉最终没有对犯罪嫌疑人进行刑事处罚，但实际上是认定了其实施了犯罪行为。理论上，这种情况是会有犯罪记录的。然而，对于部分未成年人，为了保护其身心健康和未来发展，可能会对犯罪记录进行封存处理，以减轻案底带来的负面影响。此外，即使留下犯罪记录，由于情节轻微，对个人的影响也相对较小。

3. 证据不足不起诉：

   • 情形：若人民检察院对于二次补充侦查的案件仍然认为证据不足，不符合起诉条件，则应作出不起诉决定。这意味着现有证据无法达到认定犯罪嫌疑人有罪的证明标准。
   • 是否有案底：证据不足不起诉并不代表犯罪嫌疑人未实施犯罪行为，只是基于当前证据状况无法定罪。原则上，若无新证据改变此状况，则不会直接留下案底。但若后续发现新的、足以证明犯罪的证据并重新启动诉讼程序判定有罪，则会产生案底。

特殊情况与注意事项：

• 在某些特殊情况下，如当事人之前已被公安机关采取强制措施（如拘留、逮捕等），且这一信息被记录在个人档案中，那么在某些特定环节（如政审等）下，这可能被视为一种“案底”。但这种“案底”与通常所说的犯罪记录是有区别的。
• 即使检察院作出不起诉决定，相关行为若涉及行政违法，可能会留下行政处罚记录；同时，若需承担民事赔偿责任，也会有相应记录。

总结与建议：

• 检察院不予起诉的案件是否会留下案底，需根据具体的不起诉类型及案件情况来判断。
• 对于法定不起诉，通常不会留下案底；而对于酌定不起诉和证据不足不起诉，则在特定情况下可能留有犯罪记录或对未来产生一定影响。
• 如有任何疑问或担忧，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供准确的法律意见。