当您发现公司扣除了您的绩效工资时，为了有效维护自身权益，确实需要从多个方面收集证据。以下是一些详细且具有深度的建议，帮助您系统地收集相关证据：
一、直接证据的收集
劳动合同及规章制度：
- 劳动合同：首先，仔细查阅您的劳动合同，特别是关于工资结构、绩效工资的计算方式、发放条件等条款。这些条款是证明您与公司之间关于绩效工资约定情况的基础。请务必保存好劳动合同的原件，并准备一份复印件作为证据。
- 员工手册及规章制度：获取公司的员工手册、绩效考核制度等文件，特别是其中关于绩效评定标准、扣减绩效工资的具体情形等内容。您可以通过截屏、录屏、复印等方式保存这些文件，并确保显示发布时间、文号、具体条款等关键信息。
工资条及银行工资流水：
- 工资条：无论是纸质还是电子版的工资条，都应妥善保存。工资条详细记录了您每月工资的构成及各项金额明细，包括绩效工资的发放情况。
- 银行工资流水：携带您的身份证和银行卡到银行网点打印工资流水明细，并要求银行加盖业务章以确保其真实性。通过对比流水与劳动合同、工资条，您可以清晰地看出绩效工资的扣减情况。
绩效考核记录：
- 向公司的人力资源部门或您的上级领导索要绩效评定文件的原件或复印件，如绩效评估报告、绩效得分表等。这些文件能直观反映您的绩效评定结果及公司扣减绩效工资的依据。
二、间接证据的收集
沟通记录：
- 保存与上级领导或人力资源部门关于绩效评定和绩效工资扣减的沟通记录，包括电子邮件、即时通讯软件聊天记录（如微信、钉钉等）、短信等。请确保这些记录完整，并显示双方的身份信息、沟通时间及内容。
- 在符合当地法律规定且双方知晓并同意的情况下，录音也可以作为有效证据。但请注意，录音的合法性可能因地区而异，请务必了解并遵守当地的相关法律法规。
工作成果相关证据：
- 收集与您工作成果相关的证据，如完成项目的报告、客户的表扬信、工作成果的实际数据统计等。这些证据可以证明您的工作表现符合绩效要求，从而为公司扣减绩效工资的行为提供反驳依据。
同事证言：
- 如果可能的话，请了解情况的同事出具书面证言，写明姓名、工作岗位、与您的关系及所知晓的具体情况，并让同事签字确认。在必要时，您也可以申请同事出庭作证。
三、其他注意事项
检查劳动合同与绩效考核制度：
- 确保您的劳动合同中明确规定了绩效工资及其发放标准。如果合同中没有相关规定，公司的扣除行为可能存在问题。
- 了解公司的绩效考核制度是否合理、透明。如果公司未公示考核制度标准或制定的考核目标无法达到，您有权提出异议。
保留证据的重要性：
- 在取证过程中，请务必保留好所有相关证据。这些证据在后续的劳动仲裁或法律诉讼中将起到关键作用。
- 注意证据的合法性和有效性。确保您收集的证据符合当地法律法规的要求，并能够通过法律途径维护自己的合法权益。
综上所述，当您面对公司扣除绩效工资的情况时，应全面收集直接和间接证据，并特别注意保留证据的合法性和有效性。在掌握充分证据的基础上，您可以通过劳动仲裁或法律诉讼等途径维护自己的合法权益。希望这些建议能对您有所帮助。