工厂被水淹，政府是否有补偿需视具体情况而定，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、政府补偿的法定情形
自然灾害救助：
- 根据《自然灾害救助条例》等相关法律法规，政府在自然灾害发生后，有责任组织救灾工作，包括提供必要的救助和补偿。然而，这种补偿通常针对的是受灾群众的基本生活需求，如食品、饮水、衣物、医疗救助等，并不直接针对工厂的财产损失。
- 如果工厂因水灾导致停产停业，且符合当地政府规定的救助条件，可能会获得一定的生活救助或恢复生产的支持，但这并非直接的财产损失补偿。
政府行为导致的损失：
- 如果工厂被水淹是由于政府的行为（如水库泄洪、河道整治等）直接导致的，且政府未尽到合理的安全保障义务，那么工厂有权要求政府进行赔偿。
- 在这种情况下，工厂需要证明政府的行为与工厂被淹之间存在直接的因果关系，以及政府未尽到安全保障义务。这通常需要通过法律途径进行诉讼或仲裁来解决。
二、政府不补偿的常见情形
不可抗力因素：
- 如果工厂被水淹是由于不可抗力因素（如极端天气、自然灾害等）导致的，且政府已经尽到了合理的安全保障义务（如提前发布预警、组织疏散等），那么政府通常不承担补偿责任。
- 在这种情况下，工厂需要通过保险等方式来分散风险，减少损失。
工厂自身原因：
- 如果工厂被水淹是由于工厂自身的原因（如排水系统不畅、防洪措施不到位等）导致的，那么政府通常也不承担补偿责任。
- 工厂需要自行承担修复和恢复生产的费用，并加强自身的防洪和排水能力。
三、建议与措施
及时报案与取证：
- 工厂在遭受水灾后，应及时向当地政府报告灾情，并保留好相关证据（如照片、视频、损失清单等），以便后续申请救助或赔偿。
了解政策与法规：
- 工厂应了解当地政府关于自然灾害救助和补偿的政策与法规，明确自己的权利和义务。
加强风险管理与保险：
- 工厂应加强自身的风险管理和防洪能力，如完善排水系统、加强防洪设施等。同时，可以考虑购买相关的保险（如财产保险、营业中断保险等）来分散风险。
寻求法律帮助：
- 如果工厂认为政府应承担补偿责任，但政府拒绝或未给予合理答复，工厂可以寻求法律帮助，通过诉讼或仲裁等方式来维护自己的合法权益。
如有具体法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供专业的法律意见和解决方案。