在否认亲子关系的案件中，法院通常不会直接推定亲子关系成立，但在特定条件下，法院可以推定否认亲子关系的主张成立，即认定亲子关系不存在。以下是对此问题的详细分析：
一、法律框架与基本原则
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民法典》第一千零七十三条，对亲子关系有异议且有正当理由的，父或者母可以向人民法院提起诉讼，请求确认或者否认亲子关系。
- 《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民法典〉婚姻家庭编的解释（一）》第三十九条第一款进一步明确，父或者母向人民法院起诉请求否认亲子关系，并已提供必要证据予以证明，另一方没有相反证据又拒绝做亲子鉴定的，人民法院可以认定否认亲子关系一方的主张成立。
基本原则：
- 法院在处理亲子关系确认或否认的案件时，会遵循法定程序和原则，确保公正、公平地处理案件，同时尊重当事人的合法权益，包括隐私权、知情权等。
二、否认亲子关系时法院的推定原则
提供必要证据：
- 否认亲子关系的一方需要提供必要证据来支持其主张，如女方在受孕期间与他人有亲密关系的证据、DNA鉴定报告（如果可能的话）等。
另一方无相反证据且拒绝鉴定：
- 如果另一方无法提供相反证据来反驳否认亲子关系的主张，并且拒绝进行亲子鉴定，那么法院可以推定否认亲子关系一方的主张成立。
推定结果：
- 在满足上述条件的情况下，法院会认定亲子关系不存在，即推定否认亲子关系的主张成立。
三、特殊情况下的考虑
保护未成年人权益：
- 在处理否认亲子关系的案件时，法院会特别关注未成年人的权益保护，确保他们的合法权益不受侵害。例如，如果否认亲子关系可能对未成年人的生活、教育等产生不利影响，法院可能会更加谨慎地处理此类案件。
社会影响与道德考量：
- 否认亲子关系不仅涉及个人之间的法律关系变更，还可能对社会产生一定影响。因此，在提出此类诉讼时，应充分考虑其可能带来的社会后果和道德考量。
四、实际操作中的建议
收集充分证据：
- 在提起否认亲子关系的诉讼前，务必收集充分、有效的证据来支持自己的主张。这可能包括DNA鉴定报告、证人证言、书面证据等。
遵循法律程序：
- 否认亲子关系的诉讼必须严格遵循法律程序进行，包括起诉、举证、质证、辩论等环节。确保自己的诉求得到合法、公正的处理。
考虑专业咨询：
- 由于亲子关系确认或否认的案件涉及复杂的法律问题和情感纠葛，建议在实际操作前咨询专业律师的意见。律师可以提供专业的法律建议和指导，帮助你更好地维护自己的合法权益。
总结来说，在否认亲子关系的案件中，法院不会直接推定亲子关系成立，但在满足特定条件的情况下，法院可以推定否认亲子关系的主张成立。如果你面临此类问题，建议收集充分证据并遵循法律程序进行诉讼。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。