关于工程预付款是否包含农民工工资的问题，这并非一个简单的“是”或“否”的答案，而是需要根据具体情况，特别是工程合同的约定以及相关法律法规的要求来综合判断。

首先，从工程预付款的基本性质来看，它是发包方在项目启动初期支付给承包方的一笔资金，主要用于项目的启动和初期建设，包括但不限于材料采购、设备租赁、人员招聘等。在这其中，人员招聘的费用自然就包括了支付给参与工程建设的劳动者的报酬，而农民工作为一线施工的重要力量，其工资无疑构成了这部分报酬的重要组成部分。

其次，从法律法规的角度来看，《保障农民工工资支付条例》等相关法律法规明确规定了施工总承包单位有责任确保农民工工资的及时足额支付。这意味着，即便工程款预付比例较高，施工单位仍需按照法律规定和合同约定，优先安排资金用于支付农民工工资。换句话说，虽然预付款的用途并不局限于支付农民工工资，但确保农民工工资的及时足额发放是施工单位的法定义务，也是预付款使用的重要原则之一。

再者，从实际操作的角度来看，施工单位会根据工程进度、资金需求以及农民工工资的实际发放情况来合理安排预付款的使用。如果工程进度较快，且农民工工资已经按时足额发放，那么预付款中的剩余部分可以用于其他项目支出。反之，如果农民工工资存在拖欠风险，施工单位则应优先使用预付款来支付工资，以确保农民工的合法权益不受侵害。

最后，需要强调的是，工程款是否包含农民工工资，以及预付款中用于支付农民工工资的具体比例，都应在工程合同中明确约定。合同是双方权利义务的法律依据，也是解决纠纷的重要依据。因此，在签订工程合同时，发包方和承包方应就工程款的具体构成、支付方式、支付时间以及农民工工资的支付条款等进行明确约定，以确保资金流的透明性和合规性。

综上所述，工程预付款中通常应包含用于支付农民工工资的部分，但具体是否包含以及包含的比例需以合同约定为准。为确保农民工的合法权益得到保障，各方应严格遵守相关法律法规和合同约定，确保农民工工资能够按时、足额发放。