结论前置：加班工资的计算基数主要依据劳动合同约定、实际发放工资以及最低工资标准来确定，同时需遵循相关法律法规的规定。具体计算方式会因工资形式和工时制度的不同而有所差异。
一、加班工资计算基数的法律依据
《中华人民共和国劳动法》第四十四条：
- 该条款明确规定了用人单位在安排劳动者加班时，应支付高于正常工作时间的工资报酬，具体为延长工作时间支付不低于工资的150%，休息日工作且不能补休支付不低于工资的200%，法定休假日工作支付不低于工资的300%。这为加班工资的计算提供了法律基础，但并未直接规定计算基数。
《工资支付暂行规定》第十三条：
- 该条款详细规定了加班工资的支付标准，并指出加班工资的计算基数应依据劳动合同规定的劳动者本人工资标准。若劳动合同未明确约定，则应以实际发放的工资作为计算基数，但需注意，奖金、津贴等额外报酬通常不计入加班工资计算基数。
《关于工资总额组成的规定》第四条：
- 该条款明确了工资总额的构成，包括计时工资、计件工资、奖金、津贴和补贴等。这为界定加班工资计算基数的范围提供了重要参考，即加班工资的计算基数应涵盖工资总额中的主要部分，但不包括奖金、津贴等额外报酬（除非劳动合同或地方性法规另有规定）。
二、加班工资计算基数的具体确定
劳动合同约定优先：
- 若劳动合同中明确约定了工资数额，且该数额不低于当地最低工资标准，则该约定工资应作为加班工资的计算基数。这包括基本工资、岗位津贴等固定组成部分。
实际发放工资次之：
- 在劳动合同未明确约定或约定不明确的情况下，应以实际发放的工资作为计算基数。但需注意，实际发放工资中可能包含奖金、津贴等额外报酬，这些部分通常不计入加班工资计算基数，除非劳动合同或地方性法规另有规定。
最低工资标准保底：
- 若劳动者工资低于当地最低工资标准，则应以最低工资标准作为加班工资的计算基数。这是为了保障劳动者的基本权益，防止用人单位通过降低工资基数来减少加班工资的支付。
特殊工资形式与工时制度：
- 对于计件工资的劳动者，其加班工资的计算基数通常为法定工作时间内的计件单价。
- 在实行综合计算工时工作制的企业中，应将综合周期内的月平均工资作为加班工资的计算基数。这是因为综合计算工时工作制下，劳动者的工作时间可能跨越多个自然月，因此以月平均工资作为计算基数更为合理。
三、地方性规范的作用
- 由于国家层面对加班工资基数的具体计算方式未作出明确规定，地方性规范在实际操作中起到重要补充作用。各地根据自身实际情况，可能会对加班工资基数的计算方法作出具体规定。例如，有的地方规定劳动合同对加班工资计算基数有明确约定的，从其约定，但不得低于当地最低工资标准；没有约定的，按照正常出勤月工资的70%（或具体比例）确定，但同样不得低于当地最低工资标准。
四、实际操作中的注意事项
- 劳动合同明确约定：用人单位应确保劳动合同中明确约定工资数额和加班工资的计算基数，以避免因约定不明而引发的争议。
- 劳动者保留证据：劳动者在主张加班工资时，应提供充分的证据来证明自己的加班事实和工资情况，如加班记录、工资条等。
- 关注地方性规范：由于地方性规范对加班工资基数的计算方法可能有所不同，因此劳动者和用人单位在处理具体案件时需参考当地的相关规定。
总结与建议：加班工资的计算基数是一个复杂而细致的问题，需综合考虑劳动合同约定、实际发放工资、最低工资标准以及地方性规范等多重因素。为确保劳动者的合法权益不受侵害，建议用人单位在制定劳动合同和薪酬制度时明确加班工资计算基数的约定，并严格遵守相关法律法规的规定。同时，劳动者也应了解自己的权益，如遇到加班工资计算不合理的情况，应及时向我咨询或寻求其他法律援助。